31 мая 1942 года назначен командиром 287-й стрелковой дивизии, входившей в состав 3-й армии Брянского фронта. До лета 1943 года ее части занимали оборону на левом берегу реки Неручь в районе Орловка, Котлы (г. Новосиль). С 10 июня 1943 года она вошла в подчинение 63-й армии и в ее составе участвовала в Курской битве, Орловской, Брянской, Гомельско-Речицкой наступательных операциях. Во второй половине декабря 1943 года дивизия была передислоцирована из Гомельской области в район город Коростень и включена в 13-ю армию 1-го Украинского фронта. В ее составе участвовала в Житомирско-Бердичевской, Ровно-Луцкой, Проскуровско-Черновицкой, Львовско-Сандомирской наступательных операциях. Приказом ВГК от 03.01.1944 за овладение городом Новоград-Волынский ей было присвоено наименование «Новоград-Волынская». За освобождение городов Здолбунов и Шумск дивизия была награждена двумя орденами Красного Знамени, а за овладение городом Кременец — орденом Богдана Хмельницкого 2-й ст (23.3.1944). С 20 октября 1944 года дивизия входила в 5-ю гвардейскую армию. С 26 октября она совершила марш в район Телява (Дуклинский перевал) и, войдя в подчинение 38-й армии, в начале ноября вела бои по овладению городом Тимоник. С 30 ноября дивизия вошла в 3-ю гвардейскую армию 1-го Украинского фронта и в ее составе участвовала в Висло-Одерской, Сандомирско-Силезской, Нижнесилезской и Берлинской наступательных операциях[2]. В ходе последней 25 апреля 1945 года генерал-майор Панкратов погиб, подорвавшись на фугасе[2][4]. Похоронен в городе Новоград-Волынский[5].
За время войны комдив Панкратов был пять раз персонально упомянут в благодарственных в приказах Верховного Главнокомандующего.Победу он встретил в Варшаве