Борис Сергеевич командовал 50 танковой дивизией, 150 танковой бригадой, С июня 1942г.- начальник штаба, а с июля- командир 17 танкового корпуса. 

07 сентября 1942г. полковник Бахаров был азначен командиром 18 танкового корпуса. 14 октября 1942г. ему было присвоено звание генрал-майор танковых войск.

В период боев на Курской дуге снят с должности, 25 июля 1943г. назначен заместителем командира 9 танкового корпуса. 3 августа 1943г. у д.Ржава при авианалете был тяжело ранен. Его адъютант- капитан Мищенко Алексей Дмитриевич сдела перевязку генералу, сам получил ранение, но доставил Бориса Сергеевича в медсанбат.

2 сентября, вернувшись из госпиталя, принял командование корпусом вместо, скончавшегося накануне от ран, генерал-майора танковых войск Рудченко.

Под его командованием корпус участвовал в боях за освобождение Черниговской области. В конце октября- в расширении плацдарма на западном берегу р.Днепр в Лоевском районе Белоруссии.

В конце июня 1944г. корпус отрезал пути отхода Жлобинской группировке врага на Бобруйск, участвовал в освобождении Белоруссии. Приказом Верховного Главнокомандующего 0181 от 05.07.44 корпусу присвоено наименование «Бобруйский».

16 июля 1944 года в 9-00 генерал-майор танковых войск Бахаров Борис Сергеевич выехал проверить участок обороны 23 танковой бригады в район Шакуны (Белоруссия) и, проскочив к мосту в 1км западнее Каземировка, был обстрелян из немецкой противотанковой пушки, прямым попаданием в полость шеи был убит. Похоронен 20 июля 1944 в г.Бобруйск на площади Победы. Награжден двумя орденами Красного Знамени (1943, 1944 г.г.), орденами Кутузова i и II степени (1944г.)