В сентябре 1941г. на базе 315 отдельного разведывательного авиаполка при 15 отдельном разведывательном запасном авиаполку (г.Петровск) сформирована 215 отдельная разведывательная авиационная эскадрилья особого назначения. Командиром назначен капитан Берман Семен Давидович, комиссаром- старший политрук Артемьев Борис Павлович Эскадрилья вела разведку войск противника, наступающих на московском направлении. 

Юрий Георгиевич служил в эскадрилье авиамехаником.

Указом Президиума ВС СССР от 24 февраля 1942г. старший сержант Бойченко был награжден медалью «За боевые заслуги».

В апреле 1942г. эскадрилья обращена на формирование 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир полка Берман, впоследствии- подполковник Артемьев). На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, впоследствии,  американские самолеты «Аэрокобра».

До 22 октября 1942г. полк базировался на аэродроме Монино, с 22 октября- Чкаловская.

Полк вел разведку на Западном, Северо-Западном, Воронежском и Юго-Западном фронтах.

13 декабря 1942г. Юрий Георгиевич в команде военнослужащих выбыл с Московского военно-пересыльного пункта. Команда состояла из военнослужащих, приговоренных военным трибуналом к различным срокам пребывания в штрафных батальонах.

Старший сержант Бойченко- один месяц.

Команда следовала железной дороги из Москвы до станции Погорелое Городище.

16 декабря 1942г. команда прибыла в 199 армейский запасной стрелковый полк.

Был ранен (вероятно, получил тяжелое ранение).

До 03 марта 1943г. находился на излечении в эвакогоспитале ЭГ 2386. До 14 марта- в эвакогоспитале ЭГ 5011, далее, был эвакуирован в тыл.