На фронте с первых дней войны.

К марту 1942г. командир отделения 1 понтонной роты 85 отдельного моторизованного понтонно-мостового батальона. Командир батальона майор Масик Петр Исаакович.

В апреле проводилась подписка на воинский займа 1942г. Одним из лучших подписчиков был сержант Шепугин.

При строительстве деревянного моста на р.Кубань у станицы Усть-Лабинская, отделение сержанта Шепугина выполняло нормы на 300%.

При наводке понтонных мостов в районах станиц Усть-Лабинская и Невинномысск, Алексей Алексеевич не раз устранял неисправности, обеспечив скорейший пропуск войск.

Участвовал в инженерных разведках водных преград.

14 февраля 1943г. был представлен к медали «За отвагу», приказом от 27 марта 1943г. был награжден медалью «За боевые заслуги».

Награжден нагрудным знаком «Отличный понтонер», медалью «За оборону Кавказа».

При форсировании р.Днепр в районе д.Змеи его расчет первым переправил десант на правый берег. Противник, обнаружив место переправы, открыл огонь. Несколько бойцов расчета выбыли из строя. Алексей Алексеевич был ранен в руку осколком мины, но продолжал работать. Выполнил еще несколько рейсов, пока командир не отдал приказ- обратиться в санчать.

В районе Любеч расчет работал три ночи, совершая под огнем противника 15-20 рейсов за ночь. Расчет своевременно заделывал пробоины, чтобы переправа велась непрерывно.

Приказом от 19 октября 1943г. старший сержант Шепугин был награжден орденом Отечественной войны II степени.

В 1944г. при форсировании р.Висла расчет Алексея Алексеевича получил приказ- построить пристань. Под огнем противника расчет выполнил задание на 50 минут раньше срока. После чего приступил к сборке 40-тонного парома. Собрав паром расчет приступил к перевозке танков. Вместо 8 запланированных танков, сумел переправить 13.

Приказом от 30 августа 1944г. старший сержант Шепугин был награжден орденом Красного Знамени.

Уволен в запас в звании старший лейтенант технической службы.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны I степени.