В годы Великой Отечественной войны прокурорско-следственный состав военных прокуратур в едином строю с бойцами Красной Армии сражался за Отечество. Сделано было многое для победы над немецкими захватчиками. За боевые заслуги и проявленное личное мужество в годы войны 1807 военных прокуроров и следователей удостоены орденов и медалей. Прокурорско-следственный состав военной прокуратуры Московского военного округа с первых дней Великой Отечественной войны все свои силы, знания и опыт посвятил делу разгрома немецко-фашистких захватчиков. Надзорная деятельность военных прокуроров распространялась не только на Вооруженные Силы и органы Госбезопасности, но и военные объекты: предприятия военной промышленности, железнодорожный, водный и воздушный транспорт.

Оперативным составом военных прокуратур Московского военного округа основные усилия предпринимались по борьбе с агентурой противника, пресечением трусости и паникерства, дезертирств и членовредительства, обеспечению доброкачественного и своевременного снабжения войск.