В Красной Армии с октября 1939г.

Вероятно, с 08 октября 1939г. курсант Челябинского военного авиационного училища летчиков-наблюдателец.

06 января 1940г. принял военную присягу.

28 декабря 1940г. присвоено звание сержант.

Назначен младшим летнабом в 5 корпусную авиационную эскадрилью Забайкальского военного округа (еще одним выпускником училища, направленным в эскадрилью, были сержанты Астафьев Анатолий Гаврилович, Ахмадулин Лутфей Абдуллович, Безносов Михаил Степанович, Белоруков Леонид Николаевич, Бусов Николай Федорович, Ваганов Виктор Степанович, Здор Архип Андреевич).

19 февраля 1941г. летнабы были назначены стрелками-бомбардирами.

12 мая 1941г. назначены стрелками-бомбардирами 105 отдельной корпусной авиаэскадрильи. Эскадрилья имела на вооружении самолеты Р-5.

На фронте с первых дней войны. В составе 5 механизированного корпуса Западного фронта.

Участвовала в боях на территории Белоруссии.

В конце июня выведена в резерв.

В составе 77 смешанной авиадивизии участвовала в обороне Москвы.

31 декабря 1941г. Михаилу Павловичу было присвоено звание старшина.

Расформирована в феврале 1942г.

Приказом от 16 февраля 1942г. старшина Афанасьев был награжден орденом Красной Звезды.

К июню 1942г. Ваганов В.С. и Афанасьев М.П. стрелки-бомбардиры 130 бомбардировочного авиаполка.

28 июня, взлетев с аэродрома Большие Вяземы, 1 и 2 эскадрильи полка 9 самолетами Пе-2 бомбардировали железнодорожную станцию Серго-Ивановская. В воздушном бою в районе цели были сбиты 2 истребителя противника. Один из них сбил младший лейтенант Афанасьев.

К концу июля 1942г. младший лейтенант Афанасьев совершил 64 боевых вылета, 60 из которых- успешные. Был представлен к ордену Красного Знамени. Приказ о награждении от 11 сентября 1942г.

24 августа экипаж: командир звена старший лейтенант Заднепровский Григорий Алексеевич, стрелок-бомбардир звена младший лейтенант Афанасьев Михаил Павлович, стрелок-радист младший сержант Макашев Касенкан Исманович-  участвовал в бомбардировке танков и артиллерии противника в районе Сорокино.

25 августа- бомбардировал танки противника в районах Дерби- Марково.

28 августа экипаж: Заднепровский, Афанасьев, стрелок-радист старший сержант Винокуров Василий Федорович- бомбардировал артиллерию в районе Ивановка.

02 сентября - бомбардировал артиллерию в районах Колокольня, Брыковка, Подсосенье.

03 сентября-при бомбардировке аэродрома противника у совхоза Дугино. В районе цели в воздушном бою младший лейтенант Афансьев сбил истребитель Ме-109 (Мессершмитт), второй истребитель сбил стрелок Винокуров. Самолет Заднепровского был подбит и совершил вынужденную посадку в 7км. восточнее Погорелое Городище. 

10 сентября экипаж участвовал в бомбардировке артиллерийских и минометных позиций противника в районах Коротково- Дубакино.

11 сентября- артиллерии на опушки леса в районе Строенки.

14 сентября- в бомбардировке узла сопротивления в Ржеве.

15 сентября- войск противника в лемму в районе Таблино.

23 сентября- огневые средства противника в районе церкви в Ржеве.

27 сентября- в бомбардировке узла сопротивления в Апоки.

С 01 по 22 октября полк боевых вылетов не производил.

29 октября экипаж Заднепровский, Афанасьев, Винокуров в 08-56 вылетел с аэродрома Малые Вяземы на разведку дорог от Холм-Жирковский на Сычевку, аэродромов Новое Село и совхоз Дугино. С задания экипаж не вернулся.