В августа 1942 года зачислен в офицерскую школу, которая находилась в г. Барнаул, с целью дальнейшей отправки на фронт. Планировалось двух месячная подготовка, фактически он пробыл там две недели. В сентябре 1942 года его отправили на фронт. Он стал служить в составе 8-ой роты 3-го батальона 22-го стрелкового полка 9-й стрелковой дивизии, которая дислоцировалась в Белорусской ССР с. Праники. В одном из боев с фашистами в конце 1942 года были убит командный состав подразделения, рядовой Афоничев С.В. принял командование подразделением на себя. В этом бою Афоничев С.В. получил ранее руки и пол года провел в госпитале. Находясь в госпитале был награжден медалью “За боевые заслуги”. В 1943 году, после продолжительного лечения был комиссован домой в с. Баган Новосибирской области.