Участник Советско-Финской войны 1939 -1940 гг. и Великой Отечественной войны 1941 -1945 гг.
Сергей Васильевич имел звание красноармейца миномётчика и служил линейным надсмотрщиком 348 отдельного линейного батальона связи Ленинградского и Волховского фронтов 23 армии.

Призвали Сергея Васильевича Афонина на фронт в марте 1942 года. В боях за оборону Ленинграда Сергей Васильевич был 4 раза ранен и контужен. Немец автоматной очередью выстрелил по ногам и задел правую руку. После госпиталя в Старой Руссе вернулся в строй, но в одном из следующих боях был ранен в голову, сильно пострадала нижняя челюсть. Врачам пришлось восстанавливать её по маленьким кусочкам и фиксировать зубы на прежних местах. До конца своих дней вымывал он из тела выходившие осколки. Говорил плохо поскольку отсутствовал кончик языка. В своих послевоенных воспоминаниях Сергей Васильевич не часто, но вспоминал село Красное, Синявинские болота и бои за Невский пятачок.
В мирное время Серей Васильевич трудился в колхозе, был председателем. Обожал лошадей и свою звонкоголосую гармонику.
В архивных документах Великой Отечественной воины можно прочесть следующее :

«Тов. Афонин проявил себя смелым и решительным воином, честно и добросовестно выполняющим задания. В настоящее время работает на обслуживании т.т. линии связи. На протяжении всего периода Отечественной войны тов. Афонин честно и добросовестно выполнял свой долг перед Родиной, не жалея своей жизни.»

Сергей Васильевич награждён медалью «За оборону Ленинграда», медалью «За отвагу», был отмечен орденом «Красной Звезды».