В Красной Армии  с 1934 по 1938 годы и с 1941 по 1943 годы. Призывался Щелковским райвоенкоматом Московской области.

На фронте находился с 04.11.1941 по 10.06.1943 года в должности автоматчика 61-ой особой морской бригады Карельского фронта.

В январе 1942 года в районе Медвежегорска вынес с поля боя раненого командира за три километра до санбата, тем самым спас жизнь командиру.

В январе 1943 года уничтожил 5 немецких солдат, которые зашли в тыл боевого охранения наших войск.

10.06.1943 года во время выполнения боевого задания по патрулированию стыка двух боевых охранений Агафонов М.А. был тяжело контужен и направлен в госпиталь. Остался инвалидом 2 степени.