Алиев Агагусейн Аббасгулу оглы родился 24 декабря 1907 года в городе Баку в азербайджанской семье. В 1928 году добровольно вступил в ряды Красной Армии. Начал службу в Баку, где окончил школу горного артиллерийского полка. Позже по направлению комсомола поступил в лётную школу Осоавиахима. Именно там он навсегда связал свою жизнь с небом и авиацией.

В 1930 году стал курсантом Балашовской лётной школы гражданской авиации. После окончания училища был направлен в Гражданский воздушный флот Украины. В 1934 году уже командовал звеном 214-го авиаотряда в Днепропетровске. До войны считался одним из опытнейших пилотов гражданской авиации.

С первых дней Великой Отечественной войны Агагусейн Алиев был направлен на фронт. В Москве из лётчиков Гражданского воздушного флота была сформирована Первая транспортная авиационная дивизия особого назначения. После переподготовки старший лейтенант Алиев был назначен командиром авиазвена 4-й эскадрильи Особой юго-западной авиагруппы.

Его фронтовая служба стала настоящим подвигом. Под постоянным огнём немецкой зенитной артиллерии и атаками истребителей противника он совершал полёты глубоко в тыл врага. Экипаж Алиева доставлял оружие, боеприпасы, медикаменты и продовольствие защитникам Москвы, блокадного Ленинграда, а также партизанским отрядам Белоруссии и Крыма. Обратно самолёт вывозил тяжелораненых бойцов, детей, женщин и стариков.

Особенно тяжёлыми были полёты в осаждённый Ленинград через Ладожское озеро и рейсы к крымским партизанам. С сентября 1942 года в составе Краснодарской авиагруппы Алиев выполнял задания Штаба партизанского движения Крыма. Он 65 раз пересекал линию фронта и 27 раз сажал самолёт прямо на партизанских аэродромах в глубоком тылу врага. За годы войны перевёз более 78 тонн грузов и эвакуировал свыше 200 раненых.

Даже в сильнейшие метели, туман и под плотным огнём ПВО экипаж Алиева продолжал выполнять задания. Он сбрасывал над оккупированными Симферополем, Севастополем, Евпаторией, Джанкоем и Феодосией листовки и сводки Совинформбюро, поддерживая моральный дух населения и партизан.

Всего капитан Алиев совершил более 300 боевых вылетов. Многие из них проходили ночью, на предельно малой высоте, без права на ошибку. Его называли одним из самых бесстрашных лётчиков транспортной авиации.

Весной 1944 года экипаж Алиева участвовал в снабжении белорусских партизан в ходе подготовки операции «Багратион». Самолёт доставлял вооружение и боеприпасы партизанскому отряду «Игорь», действовавшему в Брестской области.

18 мая 1944 года во время очередного боевого задания самолёт капитана Алиева был атакован немецкими истребителями. Завязался тяжёлый воздушный бой. Несмотря на повреждения, экипаж продолжал выполнять задачу, однако самолёт был подбит и упал в районе деревни Плоскинь Пинского района Брестской области. Капитан Агагусейн Аббасгулу оглы Алиев погиб смертью храбрых.

За исключительное мужество и героизм был награждён орденом Ленина, орденом Красной Звезды и орденом Отечественной войны I степени. Память о нём сохранилась как о выдающемся азербайджанском лётчике, который до последнего дыхания служил Родине и спасал жизни людей.