25 июля 1941 г. судно в который раз призвали в строй, на нем подняли военно-морской флаг, установили две 45-мм пушки и несколько пулеметов, присвоив очередное обозначение СКР-18 (сторожевой корабль). Вскоре вооружение признали недостаточным и сорокапятки заменили 130-мм орудиями.
В августе сторожевик ввели в состав только что сформированного Северного отряда Беломорской флотилии, которому предстояло охранять ново-земельские проливы. Впрочем, вскоре выяснилось, что немецкие боевые корабли (кроме подводных лодок) в этих водах не рискуют появляться, и СКР-18 отправили заниматься прямым делом — водить караваны из Белого моря в Карское и обратно. Несколько раз старый ледорез выполнял и сугубо боевые задания, например, в январе 1942 г. конвоировал поврежденный новый линейный ледокол «И. Сталин». А 20 августа и сам был атакован вражеской субмариной U-456, но сумел избежать торпед. Было известно, что летчики и подводники противника настойчиво охотятся за советскими ледоколами, без которых были бы невозможны нормальные перевозки стратегических грузов по заполярным морям. Тем не менее, за всю войну немцам так и не удалось не только потопить, но и надолго вывести из строя ни одного ледокола.
К февралю 1944 г. Северный флот пополнился боевыми кораблями отечественной постройки и полученными от союзников, нужда в импровизированных тральщиках и сторожевиках стала отпадать. «Литке» передали в оперативное подчинение Главному управлению администрации Северного морского пути.
Кончилась война, и ледорез вновь занялся привычной работой — проводкой караванов и отдельных судов.