В 1943г. в г. Баку находилось высшее военно-морское училище им. Дзержинского, с началом войны его туда перевели из г.Ленинграда.  Авалян Эдуард Гайкович поступил туда по специальности «корабельные дизельные установки» .

 После обучения в течении года , будучи курсантом его послали на Северный Флот , где он участвовал в боевых операциях  на минном тральщике ТЩ-116 , 6 ДТЩ Бригады траления ОВР СФ , п/п 40773. Участвовал в потоплении немецкой подводной лодки , в спасении личного состава подбитых транспорта Марина Роскова и минного тральщика тщ118.

За участие в боевых операциях он был награжден медалью «За боевые заслуги», медалью    « За оборону Советского Заполярья» , медалью Ушакова. Последняя награда считалась очень редкой и почетной и приравнивалась к ордену.