В 1941 году служил в звании старшины 747 стрелкового полка в составе 172 стрелковой дивизии. Он был одним первых, кто встретил войну и дал отпор врагу.

26 июня 1941 года, через 4 дня после начала войны, его дивизия была направлена в Могилев для защиты города от гитлеровских захватчиков. На Могилев наступали с разных сторон четыре немецких пехотных дивизии, танковая и моторизованная дивизии СС “Райх”, полк “Великая Германия”. 747 стрелковый полк занимал оборонительные позиции на восточном берегу Днепра.

2 июля 1941 года Могилев был объявлен на осадном положении. К 747‑му полку были прикованы силы двух пехотных дивизий фашистов, которые, не считаясь с огромными потерями, рвались к Днепровскому мосту и железнодорожной станции Луполово.

16 июля немецкие танковые клещи замкнули кольцо в 100 километрах восточнее города, и его защитники оказались в полном окружении. Свидетелем этих героических событий был писатель  Константин Симонов. Летом 1941 года он работал в газете «Известия» и, как военный корреспондент, посетил передовую линию могилевской обороны. О событиях тех дней Симонов рассказал в романе «Живые и мертвые».

Оборона Могилева продолжалась до 26 июля 1941 года. Когда стало ясно, что дальнейшее сопротивление - без боеприпасов, провианта, медикаментов - не имеет смысла, командование заблокированной дивизии, отвергнув ультиматум немцев о капитуляции, отдало приказ уцелевшим частям выходить из вражеского кольца. 

Прорываясь с боями из окруженного города, войска понесли большие потери. Попытка организованного выхода из окружения не удалась: после двухдневных боёв было приказано пробиваться на восток мелкими группами, перед этим уничтожив всю технику.

 Они вырвались с огромными потерями, чтобы потом, чудом уцелев, еще долго доказывать всем, что честно выполняли воинский долг. Вплоть до 1956 года побывавшие в окружении защитники Могилева были исключены из партии, лишены воинских званий, наград и пенсий. Значительная часть бывших "окруженцев"  была осуждена, как изменники Родины. Воины Красной Армии в 1941-м под Могилевом сделали все, что было в человеческих силах, и ушли из города только тогда, когда все мыслимые возможности и ресурсы обороны были исчерпаны.

19 сентября 1941 года 172-я стрелковая дивизия перестала существовать. Из 16 тысяч солдат, принимавших непосредственное участие в обороне Могилева, из окружения вышли всего несколько сотен бойцов и командиров, в основном из состава 747-го и сводного полков. Среди них был и старшина Бабаев Георгий.

После обороны Могилева он участвовал в партизанском отряде № 48 Кричевского района Могилевской области Белорусского партизанского штаба. Был командиром отделения.

С декабря 1943 г. до окончания войны был помощником командира взвода 36-го запасного стрелкового полка.