Учавствовал во второй мировой войне с 1939 на территории Финляндии в разведывательном полку до 22 июня 1941 года. С того момента он состоял в 164 истребительном авиационном полку со званием капитана в должности заместителя командира авиаэскадрильи по политчасти. Находясь больше года на фронте в условиях суровой зимы, при личного состава, организовал и лично отражал зенитным и винтовочным огнем атаки с воздуха.Личным примером воодушевлял технический состав на быстрейшее восстановление матчасти.Были случаи,когда технический состав, восстанавливая матчасть,по два-три дня не отходил от самолетов, Боботин был вместе с ними и личным участием влиял на быстрейшее восстановление самолетов. Эскадрилья имела 23 сбитых самолета в воздухе, 3 подбитых и шесть уничтоженных на земле. Эскадрилья имеет больше 131 боевого вылета. Уничтожено 162 автомашины, 52 орудия,15 мотоциклов, около 40 танков. После этого закончил службу в качестве замполита.