В октябре 1941 года Якова Бочкарева призывают в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. Сначала он служит красноармейцем в 46 отдельном мотострелковом батальоне в Москве, потом учится в Минском пехотном училище имени М.И.Калинина, командует взводом курсантов этого же училища. До начала Великой Отечественной войны он прослужил в армии четыре года. В первые два самых страшных месяца войны двадцатипятилетний Яков командует взводом отдельного танкового полка. Вместе с группой курсантов Козыревского военного училища он был брошен на эвакуацию имущества Белорусского Государственного банка. При выполнении задания Яков оказался в окруженном немцами Минске. В лесах Червеньского района Яков Бочкарев и Борис Кацман из бежавших из плена и концлгерей военнослужащих сформировали группу в шестьдесят человек, которая в качестве роты влилась в партизанский отряд имени Н.И.Никитина. Я.Бочкарев стал в нем политруком. Отряд базировался на небольшом острове Долгий среди болота, полтора километра западнее деревни Александрово. Партизаны постоянно трепали немецкие военные силы: в ходе смелых вылазок и операций уходили под откос поезда с немецкими солдатами, подрывалась идущая на фронт военная техника. Отряд доставлял большое беспокойство оккупантам, хотя немногочисленное оружие и боеприпасы были советского производства, трофейное. Слишком беспокоил оккупантов этот непокорный советский островок Долгий среди труднопроходимого болота. 24 июня 1942 года немцы решили уничтожить отряд силами трех охранных батальонов, охранного полка вермахта, нескольких полицейских батальонов. По живой силе противник превышал партизан более чем в тринадцать раз и имел абсолютное превосходство в вооружении. За десять часов боя партизаны отразили двадцать две атаки противника. Пока «доблестное воинство» обедало, отряд благополучно покинул остров и вышел в лес восточнее деревни Теляково. В звериной злобе каратели ворвались в деревню Александрово и расстреляли всех мужчин, двадцать два человека, а деревню сожгли. Летом 1942 года в партизанской бригаде насчитывалось уже 410 партизан, до поздней осени она действовала на территории Белоруссии, а в ноябре через «Суражские ворота» - разрыв между фронтами, вышла в советский тыл на участке 4 ударной армии Калининского фронта. Память о Якове Бочкареве, мужественном партизане и организаторе партизанской борьбы в Белоруссии, навсегда останется в сердцах простых белорусов. После расформирования партизанской бригады часть партизан направили на учебу. Яков Семенович прошел подготовку в Москве в Академии моторизации и механизации Красной Армии имени И.Сталина, а потом в должности командира танковой роты отправился на фронт. Вез новенькие танки Т-34, которые лично получал на нижнетагильском заводе. В конце войны он с действующей армией находится за границей, в столице Польши Варшаве. Осенью 1944 года получил тяжелое ранение и попал в госпиталь, долго, до конца января 1945 года, лечился. Его назначили комендантом 149 БТРБ в Будапеште в Венгрии. Так было до февраля 1946 года, когда в звании старшего лейтенанта демобилизован по болезни как инвалид Отечественной войны. Так Яков Семенович прошел всю войну: со второго до последнего дня. За свои подвиги Бочкарев Я.С. награжден орденом «Красная звезда» (1943 г.), орденом Отечественной войны второй степени (1944 г.), самой любимой для него медалью «За отвагу». Яков Семенович вернулся в родительский дом только в конце 1946 года, сделав для нашей страны все, что мог.