С начала войны Фёдор Борисович был на Дальнем вВстоке, где ожидалось нападение Японии. Когда немцы подошли к Москве, и  было ясно, что японцы не нападут, сибирские дивизии перебросили под Москву.

Воевал на волховском фронте, бои были тяжёлые, попали в окружение, и даже был в плену несколько дней. Их держали в церкви, а когда колонной погнали в немецкий тыл - бежали втроём с товарищами. Один погиб, а Фёдор Борисович перешёл линию фронта к нашим и снова воевал сначала в пехоте, а потом в разведке так как хорошо на лыжах бегал. Во время очередной боевой операции попали под миномётный обстрел, и его сильно ранили осколком мины. Ногу хотели ампутировать, но Фёдор Борисович не согласился. Долго был в госпиталях, а в 1943 вернулся в Горновое.