Воевал на Балтийском море. Учавствовал в обороне Ленинграда. В 1941 году обеспечивал проводки кораблей по Балтийскому морю в Кранштадте и Ленинграде. Осуществлял высадку десанта в Петергоф и нёс дозор в морском канале. В навигацию 1942 года, будучи помощником командира катера морского охотника Ленинградского фронта, учавствовал в 20 боевых операциях. Экипаж катера сбил вражеский самолёт "ХЕ-113". В навигации 1943 г. Бубнов на катере сопроводил 42 каравана между Н. Ладогой и Осиновцем. Имел ранения и контузии. Награждён медалью "За оборону Ленинграда" и орденом "Отечественной войны" I степени.