Родился в селе Шукавка Верхнехавского района Воронежской области в семье казака-мельника. Образование 3 класса. В Рождественской Хаве отучился на трактариста, далее работал по специальности. В дальнейшем работал бригадиром тракторной бригады в Шукавской МТС. Война застала Степана Николаевича и членов его бригады во время рабочей поездки за новыми трактарами для нородного хозяйства. Одноко назначение этих тракторов пришлось для обеспечения военных нужд. Филимонов Степан Николаевич со своей бригадой попал во Второй Украинский Фронт в военскую часть по обеспечению аэродромов дальней авиации. Прошёл всю войну в этой части. Закончил войну в Польше, город Гданьск. Вернулся домой в ноябре 1945 года. В ходе войны получил контузию. Получил медаль "За боевые заслуги".