Призван на службу в 1942 году Железнодорожным районным военным комиссариатом. 

Первоначально направлен в 204-й фронтовой запасной стрелковый полк, откуда выбыл 20 сентября 1942 года. Позднее служил в 282-м стрелковом полку 175-й стрелковой дивизии.

Участвовал на Центральном фронте с марта 1943 года. В бою т. Исаев 8.7.43 г. в р-не с/в Самодуровки показал смелость и героизм руководя своим взводом два раза водил свой взвод в атаку на противника. Будучи ранен не бросила поля боя и командовал своим взводом. Истекая кровью, призывал двоих бойцов Бить гадину! Лично уничтожил до 10 немцев 

Старший лейтенант Исаев Никита Митрофанович погиб в 26 лет, 29 ноября 1943 года, освобождая Беларусь. По данным донесений о безвозвратных потерях, его первичное место захоронения, братская могила находилась на южной окраине деревни Возрождение, Стрешинского района, Гомельской области, Белорусской ССР. Впоследствии место захоронения было уточнено: Жлобинский район, центр деревни Возрождение. Могила ухоженная, его племянники дедушка Витя и тётя Нина там бывали.