11 июня 1941г. стерший лейтенант Исаев направлен штабой 11 армии в 5 полк воздушного наблюдения, оповещения и связи (ВНОС) в г.Минск. С первых дней войны полк входил в состав 7 бригады противо-воздушной обороны (ПВО) Минского бригадного района ПВО. 22 июня дежурные посты полка обнаружили вражеские самолеты, осуществляющие налет на объекты в Западной Белоруссии, на города Гродно, Белосток, Брест-Литовск.

С августа по сентября по январь 1941г. полк находился в составе войск ПВО Брянского фронта.

В ноябре 1941г. направлен на Северо-Кавказский фронт в состав Бакинского 3-го корпуса ПВО.

21 марта 1942г. капитан Исаев направлен щтабом ПВО 61 армии в 387 стрелковую дивизию.

Василий Яковлевич нагшражден медалью «За оборону Москвы».

К июню 1944г. майор Исаев командир 696 отдельного батальона связи 9 танкового корпуса.

С 11 июня части корпуса совершили марш в Белоруссию, на восточный берег р.Друть севернее г.Жлобин.

26 июня 9 танковый корпус за 10 часов, совершив 50ти километровый марш, с боем овладел единственной и основной коммуникацией противника на р.Березина, узлом четырех шоссейных дорог- Титовка и, держа под огнем железную дорогу и два шоссейных моста через р.Березина, не допуская противника со стороны Бобруйска, закончила оперативное окружение Рогачевско-Жлобинской группировки в составе пяти дивизий (134, 269, 6, 383, 45). Несколько дней шли бои с пытавшимися вырваться из окружения частями противника.

Батальон связи обеспечил управление корпуса бесперебойной проводной и радиосвязью.

Приказом от 04 августа 1944г. майор Исаев награжден орденом Отечественной войны II степени.

В ноябре 1944г. за долголетнюю и безупречную службу награжден медалью «За боевые заслуги».

В период Висло-Одерской наступательной операции батальон обеспечил штаб корпуса беспрерывной связью с частями и соединениями корпуса, со штабом фронта и взаимодействующими частями.

Приказом Верховного Главнокомандующего от 19 февраля 1945г. батальону присвоено наименование Лодзинский.

Василий Яковлевич приказом от 07 марта 1945г. награжден орденом Отечественной войны I степени.

Указом Президиума ВС СССР от 03 мая 1945г. за образцовое выполнение заданий командования при овладении г.Альтдам (совр. Домбе) 696 отдельный Лодзинский батальон связи награжден орденом Красной Звезды.

За обеспечение батальном связью частей корпуса в период Берлинской наступательной операции и при штурме г.Берлин, подполковник Исаев представлен к ордену Красного Знамени, приказом от 15 мая 1945г. награжден вторым орденом Отечественной войны I степени.

Награжден медалями «За освобождение Варшавы», «За взятие Берлина», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

С 01 июня 1945г. батальон в составе корпуса вошел в состав 1 гвардейской танковой армии.

В 1946г. награжден орденом Красной Звезды, в 1953г.- орденом Красного Знамени.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны I степени.