В Красной Армии с мая 1942г.

Вероятно, была направлена в состав 527 бомбардировочного авиаполка.

Полк участвовал в Ржевской битве.

В январе 1943г. полк вошел в состав 301 бомбардировочной авиадивизии.

Вел боевую работу на Брянском фронте.

В апреле 1943г. полк был расформирован.

Варвара Ивановна назначена стрелком авиавооружения 3 эскадрильи 99 бомбардировочного авиаполка, той же, 301 бомбардировочной авиадивизии. Командир полка подполковник Якобсон Александр Юрьевич.

На вооружении полк имел самолеты Пе-2.

05 мая бомбардировал войска противника в районе Локоть.

17 июня 1943г. полк был преобразован в 96 гвардейский бомбардировочный авиаполк.

Участвовал в Курской битве и Севско-Гомельской операции.

С 21 сентября полк действовал с аэродрома Слоут.

К 15 октября 1943г. полк перебазировался на аэродром Санковичи (Белорусский, впоследствии, 1 Белорусский фронт). Поддерживал действия наших наземных частей в Речицком районе Гомельской области.

В начале 1944г. полк, базируясь на аэродроме Зябровка, наносил удары по войскам противника в районах Калинковичи, Мозырь, Рогачев, Жлобин.

Летом 1944г. полк участвовал в Бобруйской операции. Бомбардировочными ударами способствовал прорыву обороны противника. Затем, были разрушены мосты и переправы на Березине и отрезаны пути отхода жлобинской группировке. К исходу 27 июня бомбардировали окруженную группировку юго-восточнее Бобруйска. После этого, полк уничтожал войска противника, отходившие из Бобруйска.

С августа 1944г. полк боевой работы не вел, находился в резерве на аэродроме Кобрин.

С января 1945г. полк участвовал в операциях по освобождению Польши, в феврале бомбардировал сооружения крепости «Цитадела» в Познани, уничтожал восточно-померанскую группировку противника.

Во второй половине апреля участвовал в Берлинской операции.

25 апреля полк четырьмя группами разрушал северную часть Потсдамского вокзала в г.Берлин.

Последний боевой вылет полк произвел 30 апреля 1945г. В период с 10-35 по 10-38 двумя группами по 9 и 8 Пе-2 с горизонтального полета бомбардировал окруженную группировку противника в лесу в 1км. юго-западнее г.Потсдам.

За годы войны стрелок авиавооружения 3 эскадрильи гвардии ефрейтор Канунникова подготовила материальную часть вооружения самолетов эскадрильи к 98 успешным боевым вылетам. Проводила ремонт пулеметов систем ШКАС и Березина.

Приказом от 27 июня 1945г. была награждена медалью «За боевые заслуги».

Награжден медалями «За освобождение Варшавы», «За взятие Берлина», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».