Родился в деревне Малиново (село Глебово) Фатежского уезда. Призван в армию 20 сентября 1939 года Сталинским РВК г. Харьков. Матрос. Моторист подводной лодки «С-1» 1-й бригады подводных лодок Краснознаменного Балтийского флота. 

К моменту начала Советско-финляндской войны 30 ноября 1939 года «С-1» была в боевом дозоре в устье Финского залива. Получив сигнал «Факел» о начале боевых действий против Финляндии, командир не понял его смысла, так как на лодке не было таблицы условных сигналов. Для него обстановка прояснилась лишь на второй день войны с получением оперативной сводки штаба КБФ. Утром 1 декабря «С-1» чуть было не стала жертвой орудий крейсера «Киров». Крейсер, прибывший для обстрела батареи острова Руссаре, уже был готов открыть огонь по субмарине. К счастью, подводная лодка вовремя дала свой опознавательный.

    Вечером 2 декабря «С-1» была отозвана с позиции и утром следующего дня была в Таллине, однако тут же была отправлена к порту Раума в Ботническом заливе. Размер позиции был слишком мал (10x10 миль). Сигнальщики несколько раз обнаруживали цели, но они проходили слишком далеко от лодки. Только 10 декабря «С-1» заметила и атаковала одиночный транспорт, а когда торпеда прошла мимо, субмарина всплыла и начала расстреливать его артиллерией. На пятом залпе 100-мм орудие заклинило, а две выпущенные торпеды ушли «в молоко». Наконец, после полуторачасового маневрирования транспорт был потоплен огнем из 45-мм орудия. (Всего израсходовано 4-100 мм и 35-45 мм снарядов).

Объектом атаки «С-1» оказался немецкий пароход «Больхайм» (3.324 брт), перевозивший строевой лес (по другим данным целлюлозу). Пароход прибыл в Мянтюлуото еще до объявления блокады Финляндии, но был задержан финнами в порту так как груз судна имел для них стратегическое значение. Утром 10 декабря судно покинуло порт, и до границы блокажной зоны сопровождалось финскими кораблями. После атаки подводной лодки «Больхайм», покинутый экипажем долго не хотел идти на дно, и финны, обнаружив судно, пытались буксировать его к берегу, но пароход все-таки затонул. Несмотря на потерю транспорта и гибель при этом 3-х человек из его экипажа (в результате обстрела погиб радист, тяжело раненный капитан судна умер в шлюпке), никакой реакции Германии не последовало. Больше никого на позиции «С-1» не встретила, и 16 декабря она благополучно вернулась в Либаву.
22 декабря 1939 года «С-1» снова вышла в боевой поход. Первоначально ей предстояло действовать в районе к северу у острова Аланд (позиция № 10), но затем она была переразвернута у порта Кристиина (позиция № 12). 24 декабря при проходе пролива Южный Кваркен подводная лодка села на мель у острова Маркет. В этот момент один из кораблей (вероятнее всего, шведский), обнаружив субмарину пошел на таран. К счастью для подводной лодки она сумела сняться с мели и уклониться от удара. За 22 дня патрулирования лодка обнаружила лишь один конвой (транспорт в сопровождении вооруженного ледокола), но не смогла их догнать. 16 января «С-1» была отозвана в базу, но в силу выхода из строя вертикального руля подводная лодка задержалась в Ботническом заливе для исправления повреждения. Возвращение подлодки проходило в сложных ледовых условиях. Часть пути лодка шла подо льдом, другую часть – лавируя между льдинами. При одной из попыток пробить лед, на субмарине был погнут зенитный перископ. В таких условиях «С-1» атаковали два финских гидросамолета «Юнкерс К-43» (или «Райпон»), один из которых, по заявлению подводников, артиллеристам «С-1» удалось сбить. На исходе суток 19 января субмарина наконец-то вышла на чистую воду. На следующий день подводная лодка под эскортом лидера «Минск» благополучно прибыла в Либаву, имея всего 300 кг соляра. При форсировании льдов «С-1» получила повреждения легкого корпуса, который в нескольких местах помяло и продавило льдом, оборвало антенны и леера, штормовой волной с верхней палубы сорвало семь листов обшивки и обломало козырек ограждения рубки.    За мужество, проявленное экипажем «С-1», весь личный состав корабля был награжден орденами и медалями, субмарину 7 февраля 1940 года наградили орденом Красного Знамени, а ее командир А.В. Трипольский удостоен звания Героя Советского Союза, 28 февраля он получил назначение на должность командира 13-го дивизиона ПЛ, вместо погибшего на «С-2» Г.Н. Тутышкина. «С-1» принял капитан 3 ранга Морской Иван Тихонович. протяжении 1940 года подводная лодка занималась отработкой задач боевой подготовки. С 9 по 22 июня 1940 года «С-1» блокировала Рижский порт в период присоединения Латвии к СССР. Субмарина нуждалась в проведении капитального ремонта.

    22 июня 1941 года корабль встретил в Либаве на заводе Тосмаре в составе 1-го дивизиона ПЛ КБФ, которым командовал ее бывший командир, капитан 3 ранга А.В. Трипольский. Лодкой командовал капитан 3 ранга И.Т. Морской.

    Вечером 23 июня 1941 года, когда немцы были уже на подступах к городу, экипаж взорвал корабль и перешел на ПЛ «С-3», на которой и ушел из Либавы.

На протяжении 1940 года подводная лодка занималась отработкой задач боевой подготовки. С 9 по 22 июня 1940 года «С-1» блокировала Рижский порт в период присоединения Латвии к СССР. Субмарина нуждалась в проведении капитального ремонта.

    22 июня 1941 года корабль встретил в Либаве на заводе Тосмаре в составе 1-го дивизиона ПЛ КБФ, которым командовал ее бывший командир, капитан 3 ранга А.В. Трипольский. Лодкой командовал капитан 3 ранга И.Т. Морской.

    Вечером 23 июня 1941 года, когда немцы были уже на подступах к городу, экипаж взорвал корабль и перешел на ПЛ «С-3», на которой и ушел из Либавы.

23 июня немцы были уже на подступах к городу, но так как подводная лодка С3  могла идти самостоятельно, (но только в надводном положении, погружаться она не могла), Костромичев, в нарушение приказа, отказавшись взорвать корабль и, взяв на борт часть членов экипажа подводной лодки «С-1» (в том числе и ее командира капитана 3 ранга Морского), а так же рабочих с завода Тосмаре (всего на борту лодки было около 100 человек), покинул Либаву. «С-3» шла непосредственно вдоль побережья в Усть-Двинск, скорость ее не превышала 5 узлов. В 2.32. 24 июня в районе маяка Ужава она была обнаружена и атакована германскими торпедными катерами «S-60» и «S-35» из состава 3-й катерной флотилии. В завязавшейся артиллерийской дуэли все решила не мощность 100-мм и 45-мм орудий субмарины, а скорострельность двух немецких 20-мм пушек Ответным огнем с лодки катера получили незначительные повреждения, 4 человека были ранены. Выпущенные со «шнельботов» торпеды прошли мимо цели. «С-3» упорно уходила на север, и тогда катера атаковали ее ручными гранатами, а затем в 3.39. «S-60» сбросил прямо по курсу «С-3» глубинную бомбу в непосредственной близости от нее. Лодка затонула. 

Могила Афанасия Сергеевича находится в Сосновом Бору Ленинградской области. Памятник морякам-подводникам стал частью объекта культурного наследия регионального значения – мемориального комплекса «Защитникам Отечества».