Евгений Ковалёнок родился 2 сентября 1922 года в посёлке Междуреченск (ныне Кемеровская область) в семье шахтёра. Вырос в суровых условиях Сибири, с ранних лет приучен к труду и дисциплине. В 1940 году окончил техникум связи в Новосибирске и был призван в армию. Службу начал в Белорусском особом военном округе.

С началом Великой Отечественной войны в июне 1941 года оказался в самом пекле: участвовал в обороне Минска, затем — в боях под Смоленском. После тяжёлого ранения в октябре 1941 года был направлен в тыл, но уже к весне 1942 года вернулся в строй в составе 5-й ударной армии.

В 1943 году Евгений Ковалёнок был назначен командиром взвода связи в 3-м Украинском фронте. Обеспечивая бесперебойную связь в условиях непрерывных боёв, неоднократно рисковал жизнью, прокладывая линии под огнём. Особо отличился во время Ясско-Кишинёвской операции, за что был награждён орденом Александра Невского.

В 1945 году в составе войск принимал участие в освобождении Будапешта и Вены. К концу войны имел звание капитана и шесть наград, в том числе Орден Отечественной войны I степени, Орден Красной Звезды и медаль «За отвагу».

После Победы продолжил службу в Советской Армии, окончил Военную академию связи имени Будённого, дослужился до звания подполковника. Вышел в отставку в 1968 году и вернулся в родной Междуреченск, где много лет преподавал в техникуме связи и активно участвовал в ветеранском движении.

Умер в 1997 году. Похоронен на городском кладбище с воинскими почестями. Его именем названа одна из улиц в Междуреченске, а в местной школе №5 установлен его бюст.