Игорь вернулся в Ленинград в 1926 году получать высшее образование. К началу Второй Мировой войны он уже стал профессором, доктором биологических наук и работал в Зоологическом институте академии наук СССР (ныне Зоологический институт РАН), преподавал на высших курсах прикладной зоологии в Ленинградском сельскохозяйственном институте (ныне Санкт-Петербургский государственный аграрный университет), обучаясь на военной кафедре, имел звание Капитан административной службы.

Первая массовая эвакуация из Ленинграда прошла в июле 1941 года. Зоологический институт предоставил списки сотрудников, где значились женщины и семьи с детьми. Игорь Васильевич с супругой, Милицей Николаевной, остались в Ленинграде. Зимой 1941 года они узнают, что скоро станут родителями. Тяжелое испытание выпало на плечи Игоря Васильевича - прокормить и уберечь беременную жену в самую холодную и голодную зиму Блокадного Ленинграда. Проживало семейство Кожанчиковых по адресу Кировский пр., д. 27, кв. 3, но квартира стала непригодной и Зоологическим институтом АН СССР была предоставлена квартира на Биржевой линии, д. 1, кв. 29

Вторая массовая эвакуация сотрудников института состоялась 8 февраля 1942 года. Будучи ослабленной от недоедания и ожидающая первенца, супруга Игоря Васильевича могла не выдержать такой сложный переход по Дороге жизни в лютую Блокадную зиму. Семья опять осталась в Ленинграде. 

С первых дней Блокады в институте был организован штаб МПВО (Местной противовоздушной обороны). Игорь работал в химическом отделении. Дежурства велись круглосуточно, ведь после 1942 года в штате оставалось всего 20 человек! 

Кроме того, он был ответственен за сохранность коллекций паразитологии и насекомых. В коллекциях насекомых были экспонаты, собранные ещё отцом Игоря Васильевича - учёным-энтомологом Кожанчиковым Василием Дмитриевичем. Все они и сейчас находятся в музее. 

Не прекращалось чтение лекций и научная работа. В трудных условия военного времени Игорь Васильевич выполнил монографию по "Фауне СССР" - Волнянки. Получили множество благодарностей от Академии Наук.

Под непосредственным руководством И. В. Кожанчикова проводилась разработка методов разведения стерильных личинок мух для удаления инфекций, развивающихся при ранениях. В результате исследований и опытов было налажено их массовое производство.Способ лечения опарышами был открыт главным хирургом Наполеона I, бароном Dominique Jean Larrey, во время египетского похода Франции в Сирии в 1798–1801 годах. Применялся в Первую мировую войну доктором William Bayer. Он выяснил, что некоторые виды личинок уничтожают только мёртвые ткани, а их выделения, содержащие аллантоин (местный анестетик, вяжущий и противовоспалительный препарат) помогает заживлению ран. Многих бойцов вернули в строй личинки мух, выращенные в институте, но работу пришлось остановить из-за отключения электроэнергии. К печати готовился большой труд «Биологические основы применения стерильных личинок мух в военно-хирургической практике» (ныне метод называют Личинкотерапия). Труд не вышел в печать, все исследования были прекращены из-за массового использования пенициллина в клинической практике (в СССР с 1945г.). Личинкотерапия вновь стала применяться с 1990-х годов в связи с тем, что некоторые бактерии выработали резистентность к антибиотикам.

Игорь Васильевич консультировал при санитарном управлении Ленфронта и разработал (совместно с проф. В.Я. Шиперович и доц. В.А. Соколовым) «Методические указания по борьбе с вредными грызунами. В помощь войсковым врачам и работникам продовольственной службы» (Л., На страже Родины: 1-26, 1943). По заданиям воинских частей Ленфронта и Ленинградского Бюро Дома Учёных им. Горького проводил в частях гарнизона большое число лекций на общие и специальные биологические темы.

В 1943 году он становится заведующим кафедрой зоологии в педагогическом институте им. Герцена, где проработает не один год.

В марте 1942 года Исполком Ленсовета принял решение об организации личных потребительских огородов. Блокадники должны были сами обеспечивать себя овощами. Игорь Васильевич положил начало садику, расположенному за зданием филиала архива РАН на Университетской набережной, д. 1. Садик называли "Кожанчиков сад" вплоть до 1990-х годов, пока повсеместно проводились субботники до падения социалистического строя.

2 июля 1942 года состоялась третья эвакуация сотрудников ЗИН, и опять семья Кожанчиковых не может покинуть город, вот-вот на свет должен появиться долгожданный первенец. И 20 июля 1942 года Игорь Васильевич становится отцом! Сына назвали в честь отца Игоря - Василием. 

В приказе ЗИН от июля 1942 года говорится о необходимости эвакуировать Кожанчикова И.В. при первой же возможности. Но этому не суждено случиться. Семья Кожанчиковых провела в г. Ленинграде весь период войны.

доровье Игоря Васильевича значительно пострадало в период Блокады Ленинграда. В структуре заболеваемости 1942/45 гг., был отмечен рост сердечно-сосудистых заболеваний, но увеличение числа больных проявилось не в период наиболее сильного голода, а значительно позже, спустя 5-10 лет. 

Так произошло у профессора Кожанчикова - уже в 1950 году, спустя 6,5 лет с момента снятия Блокады, в возрасте 46 лет у него случился первый инфаркт миокарда. Через ещё 3 года (1953 г.) второй инфаркт. А в 1958 году третий, унёсший его жизнь.

Неоценимый вклад был внесен в сохранение и пополнение научного наследия Северной Столицы в тяжелейших условиях Блокады Ленинграда Игорем Васильевичем Кожанчиковым!