Призван по мобилизации 22 июля 1941г.

После призыва направлен в 72 запасной стрелковый полк (г.Пугачев).

В первой половине августа в составе маршевой роты, основу которой составляли военнослужащие с 1905 по 1910 годов рождениях, выбыл в действующую армию.

В составе маршевой роты 72 запасного стрелкового полка был Мазяркин Григорий Петрович- односельчанин и ровесник Андрея Емельяновича.

Красноармеец Козлов воевал стрелком в составе 2 гвардейской стрелковой дивизии. Согласно спискам безвозвратных потерь 2 гвардейской стрелковой дивизии, считается пропавшим без вести с 01 ноября 1941г. Однополчане сообщили его жене, дату гибели- 23 сентября 1941г.

Войну дивизия начала как 127 стрелковая. Во второй половине июля 1941г. прибыла на фронт и участвовала в обороне Смоленска.

В начале августа 1941г. дивизия была выведена в район г.Дорогобуж, где получила пополнение. 

Затем, дивизия в течение 3 недель вела бои под Смоленском и Ельней.

К 12 сентября дивизия была переброшена в район Курска.

С 15 по 18 сентября совершила марш в район г.Рыльск (Курская обл.).

18 сентября 1941г. был подписан о переименовании четырех стрелковых дивизий в гвардейские, в их числе была и 127, переименованная во 2 гвардейскую. Приказ был зачитан личному составу дивизии 19 сентября.

20 сентября вошла в соприкосновение с противником на р.Клевень у с.Заруцкое (восточнее г.Глухов Сумской обл.).

В последующие дни продвигалась в направлении Глухова.