Всю войну Ефрем Григорьевич прослужил в технических подразделениях шофёром и механиком. Благодаря хорошему знанию техники, природной смекалке и золотым рукам он занимался ремонтом автомашин и танковых двигателей. Ефрем Григорьевич вспоминал: «В первые месяцы войны и, особенно, в битве под Москвой при  ограниченном количестве танков и при отсутствии дополнительной боевой техники, быстрое восстановление повреждённой техники имело огромное значение». Военную службу Ефрем Григорьевич начал в Вышнем Волочке, где происходило формирование бригады. В составе Калининского фронта принимал участие в боях против сил немецкой группы армий «Центр». Войска фронта участвовали в обороне Калинина и в направлении Торжка, кровопролитных сражениях на Ржевском направлении. Затем в составе Северо-западного фронта Ефрем Григорьевич защищал Москву. Войну начал в звании сержанта в должности старшего шофёра 2 батальона 78 отдельного гвардейского миномётного дивизиона. Указом Президиума  Верховного Совета СССР  19.08.1942 г. за бои с германским фашизмом Е. Г. Крупин был награждён первой медалью «За боевые заслуги». В декабре 1942 г. получена очередная награда - медаль «За отвагу». В наградном листе в представлении к медали отмечено: «После произведенного залпа 25 ноября 1942 г. огневые позиции подверглись сильному артиллерийскому и минометному обстрелу противником, что угрожало выводу из строя материальной части. Выполняя задачу вывоза материальной части на новую огневую позицию, товарищ Крупин при сильном обстреле, умело маневрируя, вывез боевые установки без потерь, будучи головной машиной, проявил при этом инициативу, стойкость и мужество». 13 февраля 1944 г. гвардии старший сержант, старший бригадир взвода техобслуживания паркового дивизиона 11 Гвардейской минбригады Крупин представлен к ордену «Красной звезды». В представлении к награде записано: «За самоотверженную работу по поддержанию в боевой готовности автотранспорта дивизиона, а также ремонт и вывод из-под обстрела противника на ОП, восстановленных лично им двух машин  достоин правительственной награды  ордена «Красной Звезды» . 
В апреле 1944 г. Западный фронт был преобразован в 3-й Белорусский, в его составе Ефрем Григорьевич прошёл с боями Белоруссию, участвовал в Восточно-Прусской стратегической операции. В апреле 1945 г. войска фронта провели Кёнигсбергскую операцию, в результате которой овладели крепостью и городом Кёнигсберг. За Восточно-Прусскую операцию Ефрем Григорьевич был представлен к очередной высокой награде - ордену «Отечественной войны II степени»: «За период выполнения боевых задач с 13 января 1945 года товарищ Крупин в районе Гроса-Варнинкен в труднейших полевых условиях восстановил 7 автомашин, из которых 4 - «ЗИС» и три - «Студебекер». Благодаря инициативе и умению товарищ Крупин сумел организовать бесперебойное материально-техническое обеспечение дивизиона, этим самым способствуя его успеху. Товарищ Крупин неоднократно выезжал на огневые позиции к машинам, и порой, под обстрелом противника, сам производил восстановительные работы. За бесперебойное материально-техническое обеспечение дивизиона, что способствует его успеху, товарищ Крупин достоин Правительственной награды  ордена «Отечественной войны II степени» . 
Основными грузовыми автомобилями времён Великой отечественной войны были ЗИСы и Студебеккеры. Участие в боевых операциях для Ефрема Григорьевича закончилось на подступах к Кёнигсбергу. В победном мае 1945 г. в послужном списке гвардии старшего сержанта прибавились ещё две награды: медали «За победу над Германией» и «За взятие Кёнигсберга». В мае 1945 г. служба в армии для Ефрема Григорьевича не закончилась. После капитуляции Германии началось формирование военных подразделений на войну против японских войск, дислоцированных в Манчжурии и Корее.  В сентябре 1945 г. в послужном списке героя появилась ещё одна медаль - «За победу над Японией».