Родился в бедной крестьянской семье. С 13 лет работал плотником. В 1920 году вступил в комсомол, в 1926 — в компартию. В 1931 г. закончил Совпартшколу в Костроме, после чего вернулся в Солигалич, где стал учителем обществоведения, а затем заведующим отделом пропаганды и агитации местного райкома. Некоторое время спустя окончил Всесоюзный коммунистический университет и перешёл на партийную работу в Ленинград, сначала в Дзержинский райком, чуть позже в Куйбышевский, первым секретарём которого он стал в 1937 г.

В июне 1938 года был избран первым секретарём Карельского областного комитета ВКП(б) (с образованием Карело-финской ССР — ЦК компартии республики). На XVIII-й конференции ВКП(б) (20 февраля 1941 г.) избран кандидатом в члены ЦК партии.С началом Великой Отечественной войны вошёл в Военный Совет 7-й армии, затем в Военный Совет Карельского фронта. В июне 1941 года присвоено звание бригадного комиссара, 1 октября 1942 года — дивизионного комиссара. После отмены спецзваний для политработников 6 декабря 1942 года присвоено звание генерал-майора.

«Ленинградское дело»

В 1948 году острое противостояние в борьбе за власть между Маленковым и Сусловым с одной стороны и Ждановым с другой стороны закончилось неожиданной смертью Жданова при таинственных обстоятельствах в августе 1948 года и последующим разгромом его сторонников, большинство из которых работали в Ленинграде. Этот разгром получил название «Ленинградское дело», жертвой которого стал и Геннадий Куприянов[2]. В сентябре 1949 года в карело-финской компартии была проведена большая проверка, результаты которой были предоставлены Маленкову. Согласно записке инспектора ЦК Григория Кузнецова Центральный Комитет республиканской компартии и лично Г. Н. Куприянов проигнорировали решение ЦК ВКП(б) об исправлении ошибок в руководстве хозяйством и партийно-политической работе, продолжая проводить свою прежнюю линию в руководстве республикой. Куприянов был обвинён в ежегодном невыполнении планов в промышленности и сельском хозяйстве, покровительстве скомпрометировавшим себя работникам, зажиме критики и отсутствии коллегиальности в работе. Эти обвинения неожиданно для Куприянова поддержал его заместитель Ю. В. Андропов, возможно рассчитывая занять место Куприянова[3]. Один из биографов Андропова, Рой Медведев, поясняет этот поступок так:

Занимать в тоталитарной системе высокий пост и не предавать время от времени своих друзей, соратников или просто ни в чём не повинных людей было невозможно. Здесь каждый сам делал свой выбор...[4].

Куприянов был формально снят со своего поста и отозван в распоряжение ЦК ВКП(б) 10 января 1950 года, однако фактически перестал выполнять свои обязанности ещё в 1949 году.

Арест

15 марта Куприянов был арестован и этапирован в Москву, через два дня заключён в Лефортовскую тюрьму, где подвергался допросам, избиениям и пыткам. В октябре того же года следствие завершилось, Куприянов был приговорён к высшей мере наказания, но вскоре получил отсрочку из-за отклонения Сталиным требования Маленкова о расстреле, после чего был помещен в камеру смертников. 17 января 1952 г. Военная коллегия Верховного суда СССР по статьям 58-1"а", 58-7, 58-10 ч.2 и 58-11 УК РСФСР осудила Геннадия Куприянова к 25 годам исправительно-трудовых работ с конфискацией всего имущества. Вскоре Куприянов был отправлен в отдельный лагерный пункт № 5 в Инте (Коми АССР), однако уже в июле приговор был изменён на тюремное заключение, а 18 августа, за отсутствием состава преступления по ранее предъявленным статьям и переквалификации обвинения по ч.2 статьи 58-10 на статью 58-10 ч.1 УК РСФСР, смягчён до 10 лет тюремного заключения без конфискации имущества.

Реабилитация

Бывший первый секретарь был освобождён лишь 23 марта 1956 г., со снятием судимости, после чего вернулся в Ленинград. Реабилитирован 31 июля 1957 г. Свои оставшиеся годы Куприянов провёл в Пушкине, где был директором дворцов и парков.