15 августа 1941 года призван на действительную службу Ленинским райвоенкоматом города Мурманска. С призыва по май 1942 года - курсант 112 стрелкового полка, где 21 сентября 1941 года принял военную присягу. С мая 1942 года по декабрь 1946 года- командир отделения связи, командир радио-отделения 1237 отд артиллерийского полка. Магданов воевал на реке Западная Лица, где было остановлено наступление немцев на Мурманск. Принимал участие в освобождении Заполярья и дошел до Норвегии, в освобождении Карелии на Масельском направлении, Свирско-Петрозаводской операции.
В приказе № 28 от 10.08.1944 по 1237 армейскому пушечному артиллерийскому полку 32 армии Карельского фронта написано: «Наградить медалью «За отвагу» радиотелеграфиста Магданова Галимьяна Гималтдиновича за то, что он, находясь в 1224 сп, с группой подвижной разведки 19.07.1944 обеспечил радиосвязью корректировщиков, в результате чего, дивизионом было подавлено 2 артбатареи противника и воспрещено движение по дороге противника. Неоднократно подвергаясь артиллерийскому и минометному обстрелу, сержант Магданов мужественно выполнил боевую задачу».
В 1944 году награжден медалью «За оборону Советского Заполярья». Во время войны вступил в кандидаты ВКП(б), а в 1946 года — в члены партии.
6 апреля 1946 года командир 2551 Гаубичного Артиллерийского полка 203 Корпусной Артиллерийской Свирско-Печенгской Краснознаменной ордена Суворова и ордена Александра Невского бригады подполковник Карху А.И. на основании Указа Президиума Верховного Совета СССР от 9 мая 1945 года вручил командиру отделения сержанту Магданову Г.Г. медаль «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».
На основании Указа Президиума Верховного Совета СССР от 22.10.1946 года уволен в запас в декабре 1946 года. Награжден также Орденом Отечественной войны, медалью «За боевые заслуги», медалью Жукова, нагрудным знаком «Ветеран Карельского фронта».