Боевой путь

З перших днів Німецько-радянської війни Маликов брав участь в організації евакуації промислових підприємств і населення України на схід. З грудня 1941 року — на фронті. Однак невдовзі був відкликаний в Український штаб партизанського руху (УШПР), де очолював відділ матеріально-технічного забезпечення. 

В жовтні 1942 року був призначений керівником оперативної партизанської групи по Житомирській області і в якості уповноваженого УШПР закинутий в тил противника на територію Житомирщини для організації партизанського і підпільного руху. З грудня 1942-го — член Житомирського обласного штабу партизанського руху, уповноважений ЦК КП(б)У з організації партизанського підпілля і партизанського руху на Житомирщині.

Після об'єднання окремих партизанських загонів Маликова було призначено командиром з'єднання імені Миколи Щорса,14 грудня 1943 року реорганізованого в партизанську дивізію. 27 травня 1943 Степана Федоровича затверджено на посаду 1-го секретаря Житомирського підпільного обкому КП(б)У, яку він займав до квітня1944 року.

Саме під керівництвом Маликова були встановлені надійні зв'язки з підпіллям міст і сіл, визначені завдання окремим загонам і групам, які в результаті були повністю виконані. Маликов організував тісну взаємодію і якісний зв'язок з партизанськими з'єднаннямиСабурова, Федорова, Наумова, Ковпака, партизанами Білорусі.

Всіх зусиль Маликов доклав аби пройшла успішно Житомирська-Бердичівська наступальна операція військ 1-го Українського фронту. Партизани під час цієї операції тримали під контролем усі залізниці, що вели до лінії фронту.