В Красной Армии с 1939г.

Вероятно, окончил ШМАС (школа младших авиаспециалистов).

К началу войны стрелок-радист экипажа самолета СБ 58 Краснознаменного скоростного бомбардировочного авиаполка.

В период с 25 июня по 01 июля 1941г. полк под командованием Героя Советского Союза майора Серебрякова Николая Гавриловича бомбардировал аэродромы противника Бортко, Котко, Ловиза; плотину и силовую установку электростанции Иматра, мост на железной дороге Выборг- Лахти.

В июле полк вел боевую работу в районах Даугавпилс, Штокмансгоф (совр. Плявиняс), Модон, Остров, частично действовал по территории Финляндии.

05 июля 1941г. при бомбардировке танковой колонный противника в районе Резекне Николай Никифорович участвовал в отражении атаки немецких истребителей. Групповым огнем стрелок-радистов один истребитель был сбит.

06 июля 1941г. 2-я авиаэскадрилья в составе 10 самолетов, ведомая майором Платовым Иваном Андреевичем, вылетела на бомбардировку танковой колонны противника южнее г.Остров. При подходе к цели бомбардировщики были встречены 17 истребителями Ме-109 и шестью ФВ-198. Майор Платов, подав сигнал, собрал эскадрилью в плотный строй и взял курс на цель. Стрелки-радисты вступили в воздушный бой. Бомбами было подбито и уничтожено до 8 танков. Стрелки радисты старший сержант Железнов Геннадий Алексеевич и сержант Малышев Николай Никифорович сбили по одному Ме-109. Остальные истребители уклонились от продолжения боя. 

Во второй декаде июля полк вел боевую работу в районах Псков, Дно, Луга. В конце июля и в августе- Луга, Нарва, Кингисепп, Волосово. В сентябре- Тосно, Колпино, Шлиссельбург, Мга.

20 сентября полк убыл в Энгельсскую военную авиационную школу пилотов на переучивание и доформирование.

В начале февраля 1942г. направлен в 23 запасной авиаполк (станция Белая Иркутской обл.). К 10 марта полк закончил обучение и был укомплектован личным составом. Получив самолеты Пе-2 на Иркутском авиазаводе, полк в составе 20 экипажей к 04 апреля прибыл на аэродром Монино.

22 апреля полк перебазировался на аэродром Макарово и вошел в состав войск Северо-Западного фронта.

23 апреля перебазировался на аэродром Хотилово.

С 26 апреля по полк действовал по переднему краю и аэродромам демянской группировки противника.

К средине мая 1942г. старший сержант Малышев совершил 34 боевых вылетов. Приказом от 23 июня 1942г. ьыл награжден орденом Красной Звезды.

В 1942г. был принят в ряды ВКП(б), партбилет №1525889.

С сентября 1942г. по февраль 1943г. полк срывал автомобильные и железнодорожные перевозки в район Старой Руссы и продолжал действовать по демянской группировке. 

С 01 ноября 1942г. командование полком принял подполковник Скок Иван Потапович.

С 15 февраля по 18 марта 1943г. участвовал в уничтожении Демянской группировки противника.

9 самолетов Пе-2 ведомые экипажем: командир полка подполковник Скок Иван Потапович, штурман полка майор Смус Сергей Федорович, стрелок-радист Малышев, нанесли удар по складам и эшелонам на железнодорожной станции Тулебля.

Приказом от 30 марта 1943г. Николай Никифорович был награжден медалью «За отвагу».

С 18 марта полк приступил к обучению приемов бомбардировки с пикирования. Введены в строй 7 молодых экипажей.

С 16 по 23 августа полк участвовал в уничтожении войск противника в Старой Руссе.

После этого, полк продолжил боевую подготовку.

Флагманский стрелок-радист старший сержант Малышев совершил 65 боевых вылетов, 50 из которых- успешные. Приказом от 02 октября 1943г. был награжден орденом Отечественной войны II степени.

24 февраля 1944г. экипаж: летчик младший лейтенант Селин Павел Петрович, штурман эскадрильи капитан Короткий Алексей Алексеевич, стрелок-радист Малышев- выполнял разведывательный полет районов Николаево, Псков,  Карамышево. Был встречен парой истребителей Фв-190 (Фокке-Вульф). Уходя от преследования бомбардировал автомашины на дороге Карамышево- Александрово. Посадку произвел на свой аэродром.

29 февраля экипаж: командир звена младший лейтенант Ершов Михаил Иванович, штурман звена старший лейтенант Тарасевич Константин Михайлович (29 июня 1945г. удостоен звания Герой Советского Союза, посмертно), старший сержант Малышев- выполнил разведку дорог в районах Псков, Остров, Карамышево.

Через два с половиной часа экипаж вновь вылетел на разведку районов Березкино, Остров, Карамышево. Бомбардировал на разъезде Скорохово эшелон противника.

08 января 1944г. полк перебазировался с аэродрома Макаров на аэродрома Шум- Ленинградского фронта.

С 15 января приступил к уничтожению Пушкинско-Слуцкой артиллерийской группировки противника.

В феврале полк перебазировался на аэродром Касимово, затем, на Гатчину. Действовал на Нарвском и Псковко-Островском направлениях.

26 марта 1944г. в 18-04 7 самолетов Пе-2 (ведущий экипаж: командир эскадрильи капитан Жуков Борис Григорьевич, штурман эскадрильи капитан Волков Михаил Георгиевич) вылетели на бомбардировку артиллерийских позиций противника в районе Рейдипиллу. После пролета линии фронта группу атаковала четверка истребителей ФВ-190 (Фокке-Вульф). Ведя воздушный бой, группа отклонилась от основного курса и в 18-39 бомбардировала запасную цель- станцию Ору. При подходе к цели была атакован тремя четверками истребителей ФВ-190. Воздушный бой продолжался до р.Дуга. Один истребитель был сбит стрелком-радистом младшим сержантом Гончар Виталием Андреевичем. 

В воздушном бою были сбиты два экипажа. Один из них (самолет №16/200): заместитель командира эскадрильи капитан Клюев Николай Дмитриевич, штурман эскадрильи капитан Короткий Алексей Алексеевич, начальник связи эскадрильи старший сержант Малышев Николай Никифорович. Оба самолета горящими упали в Финский залив в 4-6км. севернее Силамяэ.