С июля 1941г в рядах РККА, был призван Дзержинским РВК г. Ленинграда в звании интендант 3-го ранга. В качестве инструктора, старшего инструктора 7 отделения политотдела 42 армии, начальника отделения по работе среди войск противника (политотдел 42 армии), старшего инструктора 7 отдела Политического управления фронта Мусатов Е.И. участвовал в оборонительных боях на западных и юго-западных подступах к Ленинграду, в обороне Ленинграда, а после принимал участие в наступательных операциях Ленинградского и 3-го Прибалтийского фронтов. По завершении Великой Отечественной войны продолжал служить в политическом управлении Центральной группы войск. Закончил военную службу в октябре 1960г в звании подполковник.

Мусатов Е.И. награжден орденами Красной звезды и Отечественной войны II степени, многими медалями, в т.ч. «За оборону Ленинграда».