Родился 4 (17) марта 1915 в деревне Яковлевка Уфимского уезда, ныне Кармаскалинского района Республики Башкортостан. Работал в колхозе, после в Благоварском районном отделении НКВД.

В Красной Армии в 1936—1938 годах и с марта 1942 года, командир отделения сапёрного взвода 58-го гвардейского кавалерийского полка 16-й гвардейской Черниговской кавалерийской дивизии 7-го гвардейского кавалерийского корпуса 1-го Белорусского фронта.

Алексей Никифоров был командиром отделения саперного взвода, освобождал Черниговщину. Противник оказал упорное сопротивление у железнодорожной станции Мена. Никифорову было поручено подорвать полотно железной дороги, чтобы не пропустить на станцию вражеский бронепоезд. Выполнить приказ было очень трудно: железная дорога находилась в руках гитлеровцев, подступы к ней простреливались пулеметно-ружейным огнем. Умело маскируясь, Никифоров достиг цели, уложил взрывчатку. Через несколько минут в воздух взлетели куски шпал и рельсов. Образцово действовал воин и во многих других случаях. Его считали опытным фронтовиком, хотя на фронт он попал лишь в 1943 году. В составе 16-й гвардейской кавалерийской дивизии, входившей в состав 7-го гвардейского кавалерийского корпуса Белорусского Фронта, Никифоров прошел большой и славный путь. Особую отвагу и мужество проявил при форсировании Днепра в октябре 1943 года. Под обстрелом противника Никифоров сделал 27 рейсов на плоту, переправляя боеприпасы, боевую технику и продовольствие. 

Указом Президиума Верховного Совета СССР «О присвоении звания Героя Советского Союза генералам, офицерскому, сержантскому и рядовому составу Красной Армии» от 15 января 1944 года за «образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленными при этом отвагу и геройство» присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 3015).

Член КПСС с 1943 года.

После войны жил и работал в городе Ялта. Похоронен в Ялте, на Старом городском кладбище.