По данным Военного билета Илья Новиков встретил начало войны в должности командира взвода на Юго-Западном фронте. Он был одним из тех, кто принял первый удар фашистских захватчиков,  был сильно ранен в бою и захвачен в плен. Он попал в концентрационный лагерь Кюстрин для военнопленных. Но и здесь он не сдавался, а помогал пленному русскому доктору Синякову спасать русских солдат, попавших в плен. Об этом свидетельствует переписка с Георгием Фёдоровичем Синяковым, который лечил пленных и устраивал их побеги под видом умерших. Когда Илья Новиков спасся из плена, он влился в советские войска, участвовал в боях, дошёл до Берлина.