Призван по мобилизации в июле 1941г.

Был направлен для прохождения военной подготовки в одну из запасных частей, дислоцировавшуюся в Пензе.

С апреля 1942г. воевал в составе 416 отдельного линейного батальона связи. Командир батальона военный инженер 1 ранга Тарасов.

В 1943г. командование батальоном принял майор Шаповалов Прокофий Григорьевич.

Батальон обеспечивал связь между штабом 10 армии и штабом Западного фронта.

Сергей Агафонович был ранен. До 04 августа 1943г. находился на излечении в эвакогоспитале ЭГ 3289.

С 1944г. батальон в составе войск 2 Белорусского фронта. В период наступательных операций вел строительство основной фронтовой линии связи.

В 1944г. Сергей Агафонович был принят в ряды ВКП(б), партбилет №6590456.

Отделение под командованием старшего сержанта Нуждина выполняло задания по строительству и восстановлению телефонно-телеграфных линий связи на участке Волковыск- Белосток. Несмотря на обстрелы вражеской артиллерии и минные поля, все задания были выполнены своевременно.

Сергей Агафонович был представлен к ордену Красной Звезды, приказом от 16 ноября 1944г. награжден медалью «За боевые заслуги».