Призван по мобилизации 25 июня 1941г., согласно записи в наградном листе- Крапивенским райвоенкоматом Тульской обл., согласно данным в учетно-послужной карточке- Острогожским РВК Воронежской обл.

Служил старшим телефонистом в 172 отдельном зенитно-артиллерийском дивизионе (командир дивизиона старший лейтенант Юшкевич Николай Антонович).

Дивизион был придан 222 стрелковой дивизии.

С 18 октября 1941г. части дивизии в течение 3 месяцев удерживали рубеж вдоль р.Нара севернее Наро-Фоминска.

18 ноября противник прорвал оборону соседней дивизии севернее Маурино. 222 стрелковая дивизия 3 суток вела бои, будучи окруженной с трех сторон.

02 декабря пехотная дивизия противника при поддержке до 100 танков прорвала оборону соседа слева. 222 стрелковая дивизия пять суток вела бои в окружении. Содействовала разгрому прорвавшееся группировки. Остатки которой были отброшены за Нару.

Ефрейтор Папаянов в составе группы бойцов из человек (командир группы- военком батареи младший политрук Босов Алексей Гаврилович) в течение нескольких дней участвовал в уничтожении отряда немецких автоматчиков, прорвавшихся к расположению штаба дивизии. Метким огнем он уничтожил 10 гитлеровцев.

11 декабря 1941г. был представлен к медали «За отвагу», приказом от 23 января 1942г. был награжден орденом Красной Звезды.

В декабре 1941г. дивизион был передан в состав частей ПВО 16 армии.

Прикрывал крупный железнодорожный узел Сухиничи и д.Чваново, где располагался штаб армии.

В июне 1942г. на его основе был сформирован 1279 зенитно-артиллерийский полк.

Вероятно, Филипп Спиридонович в 1942г. был направлен на курсы усовершенствования командного состава Воздушно-десантных войск Красной Армии.

После окончания курсов присвоено звание младший лейтенант.

Награжден медалью «За оборону Москвы».

30 апреля 1943г. лейтенант Папаянов прибыл из 13 гвардейского воздушно-десантного полка в 5 гвардейскую воздушно-десантную бригаду. Командир бригады подполковник Сидорчук Прокофий Мефодьевич (Указом Президиума ВС СССР от 19 января 1944г. удостоен звания Герой Советского Союза). Назначен командиром взвода противотанковых ружей (ПТР).

В ночь на 25 сентября 1943г. два батальона бригады под командованием подполковника Сидорчука были выброшены с самолетов в тыл противника в Каневских лесах (у г.Канев, Черкасская обл.). 

Десантирование происходило под плотным артиллерийско-пулеметным огнем зенитных средств противника. Наши самолеты были вынуждены совершать противозенитные маневры, уходя из района, намеченного для выброски десанта. Во время десантирования бригада потеряла до половины личного состава.

После приземления, десантники, разбросанные на обширной площади, объединялись в диверсионные отряды. 

Большинство из них соединились с основной группой, которой командовал подполковник Сидорчук. 

18 октября десантники перешли из Каневскго в Таганчанский лес. Продолжали вести диверсионную работу. 

24 и 25 октября разгромили группу из 2000 немецких солдат, направленных на их уничтожение.

13 ноября рота Петросяна прорвала оборону противника у с.Свидовок и захватила д.Елизаветовка (у Днепра), стянув на себя часть сил противника и дав возможность нашим стрелковым частям форсировать Днепр. В бою были уничтожены до 80 гитлеровцев.

Сводная бригада десантников была передана на усиление одной из стрелковых частей, участвовала в боях за Черкассы.

Весной 1944г. 5 отдельная гвардейская воздушно-десантная бригада была переброшена в пос.Марьина Горка Минской обл., затем, в д.Белая Церковь Витебской обл. В боевых действиях больше не участвовала.

26 августа 1945г. помощник командира батальона по снабжению гвардии старший лейтенант Папаянов был награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

За долголетнюю и безупречную службу в 1952г. был награжден медалью «За боевые заслуги», в 1956г.- орденом Красной Звезды.

Гвардии подполковник Папаянов вышел в отставку 17 июля 1968г.