В начале августа 1941 Софию Николаевну отправили рыть окопы под Ленинград. Время было тяжелое. Постоянные бомбардировки, голод (продовольственные карточки не полагались бригадам, участвующим в возведении укреплений). Ели все, что смогли найти, сырым, т.к. боялись, что их могут обнаружить немцы.
В октябре 1941 Софья Николаевна заболела тифом и ее отправили госпиталь в блокадный Ленинград. С ноября по декабрь 1941 года нормы выдачи продуктов достигли минимального размера за все время блокады. Только ближе к концу 1941 года по льду Ладожского озера ее смогли вывезти из Ленинграда. Она вспоминала: «Ленинград был страшный, темный, было много трупов».
В Вологде Софья Николаевна продолжила лечение в военном госпитале. Поправившись, она работала на заводе. Победу София Николаевна встретила дома.