В Красной Армии с авпреля 1941г.

Окончил военную авиационную школу пилотов.

Служил в составе 8 запасной авиабригады.

С января 1943г. летчик в составе  

779 бомбардировочного авиаполка.

В июне 1943г. состав экипажа самолета Пе-2 (заводской номер 2/191): старший летчик младший лейтенант Прокофьев Семен Николаевич, штурман младший лейтенант Афанасьев Александр Михайлович, воздушный стрелок-радист сержант Гробовенко Алексей Тимофеевич. К вылетам самолет готовил механик авиационный: старшина Галушко Серафим Федорович.

08 июня при полете к цели у самолета отказал левый мотор. Несмотря на это, экипаж дошел до цели, сбросил бомбы и вернулся на свой аэродром.

21 июня на боевом вылете самолет командира группы вышел из строя. Левый ведомый- экипаж Прокофьева, видя, что самолет командира атакуют истребители, прикрыл его слева и помог отразить атаки.

Полк участвовал в Орловско-Курской операции (Курской битве).

К 15 июля младший лейтенант Прокофьев совершил 11 боевых вылетов. Приказом от  16 июля 1943г. был награжден орденом Красной Звезды.

23 июля полк перебазировался с аэродрома Чернова на аэродром Курск.

Штурманом в экипаже с Прокфьевым и Гробовенко летал лейтенант Буковский Василий Иванович.

24 июля 1943г. экипажи полка вылетели на бомбардировку станции Хутор-Михайловский. На маршруте к цели один самолет совершил вынужденную посадку в 9км. восточнее Севска, при посадке взорвался. Два самолета столкнулись над целью. С вылета не возвратился экипаж самолета Пе-2: летчик Прокофьев, штурман звена младший лейтенант Зуев Иван Яковлевич, стрелок-радист Гробовенко. Из донесения о потерях следует, что над целью столкнулись самолеты других экипажей.

Позже, летчик и штурман возвратились в полк.

28 октября 1943г. экипажи полка уничтожали артиллерию противника в районах: Большая Теребеевка, Искра, Прокисень, Ветка, Артуки (Холмечский сельсовет Речиского р-на Гомельской обл.). Прямым попаданием зенитного снаряда над целью был сбит самолет экипажа: командир звена младший лейтенант Прокофьев Семен Николаевич, штурман сержант Яновский Юрий Николаевич, стрелок-радист младший сержант Гладкоскок Вениамин Яковлевич.

Семен Николаевич попал в плен (вероятно, успел выпрыгнуть с парашютом).

Освобожден в мае 1945г.

Прошел спецпроверку.

Был уволен в запас 03 декабря 1945г.