28 августа 1941 года был призван Жиздринским районным военкоматом в ряды Красной Армии на защиту Родины. Был направлен в город Моршанск, где формировалась дивизия. Служил в 10 армии 325 стрелкового полка 1 – ой пулеметной роты.  4 ноября 1941 года вступил в бой за город Пронь, где участвовал в боях, не выходя с поля боя 2 месяца. Был командиром расчета танковых пулеметов. 3 февраля 1942 года получил легкое ранение и был направлен на излечение в г. Калугу, где пробыл 2 месяца. После госпиталя был направлен в город Коломна, 439 стрелковый полк 1 – ой пулеметной роты. Служил сержантом. 28 июня 1942 года был направлен под Ржевск, где получил тяжелое ранение в грудь и направлен в госпиталь в Горький, после излечения работал  в Келовском военкомате начальником боевой подготовки по ноябрь 1943 года. В 1944 году был направлен на 2 – ой Украинский фронт, где участвовал в освобождении Венгрии. 8 февраля 1944 года был направлен на дальнейшую службу в Раменский район г. Москвы.  Затем служил в 10 – ой армии до окончании войны. 28 августа 1945 года Прокопов был демобилизован из города Берлина.

Прокопов Иван Афанасьевич имеет правительственные награды: медали "За отвагу",  «За оборону Москвы», «За победу над Германией».