С первых дней войны ушел войну. До войны работал учителем в г.Якутске.
Первую свою медаль "За отвагу" Гавриил Дмитриевич получил за взятие блиндажа, где убил трех немцев и одного взял в плен. Известность получил при защите Сталинграда, на подступах к легендарной высоте Мамаев Курган.
Во время обороны Сталинграда наши войска, особенно передовые позиции, несли большой урон от вражеской авиации. Как-то, обходя позиции войск, командующий 64 армией, генерал-лейтенант В.И.Чуйков обратил внимание на одинокого солдата, копошившегося у пушки-сорокопятки, которая стояла на нейтральной полосе и метко поражала немецкие танки. Кроме того, самолеты врага его позицию не бомбили. Он обратил внимание на тот факт: где передний край отдельных подразделений сблизился с вражеским, там противник не использует авиацию, боясь поразить свои войска.
Несмотря на гибель своих товарищей Гавриил Протодьяконов продолжил бой и лично уничтожил прямой наводкой 9 пулеметных точек, 4 блиндажа, 2 противотанковые пушки. Солдатская смекалка помогла ему не только выжить, но и открыть новый вид боя. Он вышел на нейтральную полосу, никто никогда не делал этого. Cо своей 45 мм пушкой, окопался между траншеями наших и противника. Враги не могли его достать, их снаряды пролетали мимо. Чуйков в бинокль увидел копошащегося на нейтральной полосе одинокого солдата, который ловко уничтожал один за другим танки. Командующий приказал ночью доставить солдата к себе. Но солдат словно прикипел к месту и не имел желания покидать позицию, говоря "хороший место, зачем оставляй!", и все же есть приказ и он прибыл в расположение командующего.
"Я не могу забыть артиллерийского снайпера-бронебойщика Протодьяконова, с которым я лично беседовал в своем блиндаже, куда он явился по моему вызову. Он один остался из всего расчета со своей 45-миллиметровой пушкой между траншеями нашими и противника,в лощинке на северном скате Мамаева кургана. Он так хорошо маскировался, что танкисты противника узнавали об этой пушке тогда, когда уже или горели или были подбиты."
Один раз его все же заметили, засекли по его выстрелу и, конечно, открыли по нему массированный артиллерийский огонь.
Оптический прицел был разбит осколками снаряда, но пушка уцелела, а расчет пушки в единственном числе невредим. И тогда Протодьяконов начал прицеливаться в танки противника через ствол орудия. И как только в отверстии ствола появлялся танк, он быстро заряжал орудие и бил прямой наводкой". После боя вызвал Протодьяконова к себе в блиндаж, где состоялась первая встреча солдата и генерала."
В. И. Чуйкова "От Сталинграда до Берлина".
Снова в пекле
В июле 1943 года, как только нашими частями был завоёван Пришиб − небольшой плацдарм в районе Богородичное, полк немедленно на паромах и по понтонному мосту переправил на правый берег Северного Донца всю материальную часть и занял боевые порядки, поддерживая продвигающуюся вперёд пехоту. Пушечные батареи были поставлены непосредственно в боевые позиции пехоты для отражения танковых контратак противника.
Как показал пленный немецкий солдат, Гитлер приказал любыми средствами ликвидировать плацдарм, завоёванный нашими частями на правом берегу Северного Донца. Фашисты срочно перебросили из-под Харькова одну танковую дивизию, подтянули резервы и с 20 июля начали яростно контратаковать наши наступающие части. Особенно тяжёлые бои развернулись за крупный опорный пункт противника − деревню Голая Долина.
Наши части перешли на окраину деревни, когда противник бросил в контратаку на узком участке до шестидесяти танков в сопровождении автоматчиков и вынудил пехоту отойти на высоты, расположенные южнее. Противник, продолжая контратаку, стремился выбить пехоту с занятого рубежа, прорваться к переправе и тем самым лишить наши части, находящиеся на плацдарме, боеприпасов и продовольствия.
Стоявшие на открытой огневой позиции 2-я, 4-я и 7-я батареи приняли удар на себя. Как впоследствии вспоминал бывший командующий 79-й Гвардейской стрелковой дивизии, генерал-майор, Герой Советского Союза Л. И. Вагин, «к району батареи, командиром которой был лейтенант Шуклин, двинулись до 30 немецких танков. Лейтенант Шуклин, подпустив танки метров на 500-600, открыл огонь по танкам противника. Сразу же было подбито несколько танков, но остальные, развернувшись, обрушили весь огонь по батарее Шуклина, а часть танков стала обходить батарею с флангов.
Батарея несла большие потери, но продолжала вести огонь. Было подбито 20 немецких танков. К тому времени в батарее остался один наводчик (им, как выяснилось, был т. Протодьяконов) и раненый командир батареи, которые продолжали вести огонь из двух уцелевших орудий. Но часть танков прорвалась на опорный пункт батареи и стала «утюжить» район огневых позиций. Орудия были раздавлены вместе с расчётами, вернее с остатком расчёта».
В этой ожесточённой схватке артиллерист Гавриил Протодьяконов, оставшись у орудия один, раненый и контуженный, уничтожил три «Тигра» и отбил две атаки пехоты противника.
В том бою, отражая атаки танков, погибли командир 2-й батареи Шуклин, командир 5-й батареи лейтенант Самодоров, заместитель по строевой части командира 2-го дивизиона старший лейтенант Дятлов, и все расчётные части батарей.
Командиру батареи лейтенанту Шуклину посмертно было присвоено высокое звание Героя Советского Союза, Г. Д. Протодьяконов награждён медалью «За отвагу».
После войны
«С Протодьяконовым я снова встретился 9 мая 1972 года в Сталинграде, на Мамаевом кургане. Конечно, он изменился так же, как и я за эти 30 лет. Но мы узнали друг друга. Он напомнил мне нашу беседу в моем блиндаже в 1942 году», — писал генерал в своих воспоминаниях.
«Ты меня спрашивал, где стоит твоя пушка? Я тебе сказал: «Моя пушка стоял там, а возле лежал я сам. Я ждал, когда танк фашиста себя хорошо показал, тогда я стрелял и танк горел». Ты мне сказал: «Молодец! Хочешь чай?» Я сказал: «Люблю крепкий чай». Ты мне давал этот крепкий чай, я пробовал, а это был коньяк. Спасибо тебе, я так говорил».