В 1939 году Павел Никонович Прыгунов был призван на срочную военную службу, которую он проходил в учебном отряде подводного плавания им. С.М. Кирова в Ленинграде. Во время войны служил в 6 Отдельной бригаде морской пехоты, сформированной 12 сентября 1941 года. 17 сентября, еще не закончив своего формирования, бригада заняла вторую линию обороны между совхозом "Южный массив" и станцией Фарфоровской. Ее задачей была оборона, строительство оборонительных сооружений и минирование подходов. В ночь на 30 сентября бригада была отозвана с занимаемых позиций для нанесения контрудара. В октябре 1941 года бригада сосредоточилась в районе Автово и должна была наступать вдоль Петергофского шоссе. В ходе наступления бойцы подвегались прицельному обстрелу врага. Затем бригада действовала под Урицком. Последнее письмо от Павла Никоновича пришло в декабре 1941 года.