Родился 14 марта 1927 года в селе Локоть Змеиногорского района Алтайского края. Воинское звание-гвардии старший матрос. В рядах Морской пехоты ТОФ с февраля 1944 года. Уже будучи в армии, вступил в ряды ВКП(б). Воевал на Тихоокеанском  флоте, в том числе принимал участие в войне с Японией. Выписка из наградного листа от 1 сентября 1945 года: « Тов. Пустынников (автоматчик 355 батальона в составе 13 бригады Морской пехоты ТОФ) ходил в атаку как умелый храбрый боец. Был ранен (в лицо) но не ушёл с поля боя продолжал вести бой против самураев. Истребил из своего автомата 2 самураев при взятии города Сейсин. Тов. Пустынников достоин к награде орденом «Красной Звезды». В апреле 1951 года был демобилизован, вернулся в Алтайский край и 13 апреля 1951 года был принят на работу в ТЭЦ Алтайского тракторного завода, затем перешёл на работу в термический цех завода АТЗ в качестве термиста. Где  и проработал достойно до самого выхода на пенсию 26 апреля 1977 года. 4 августа 1977 года Петра Афанасьевича не стало. Сказались тяжёлый ударный труд и боевое военное прошлое. Он был очень светлым, порядочным и честным человеком.