В Красной Армии с ноября 1939г.

К декабрю 1939г. курсант военного авиационного училища летнабов и штурманов, возможно, Харьковского.

23 января 1940г. принял военную присягу.

28 ноября 1940г., по окончанию училища, присвоено звание младший лейтенант. Назначен младшим летнабом в 54 скоростной бомбардировочный авиаполк.

В 1941г. полк базировался на аэродром Вильно (Вильнюс).

К началу войны имел на вооружении самолеты СБ, Ар-2 и Пе-2.

22 июня 10 самолетов СБ вылетели на бомбардировку аэродрома Гумбинен. Из-за мощного противодействия зенитных средств задачу выполнить не удалось. В 11-40 вылетели 8 самолетов. В 16-10 2 самолета СБ выполняли разведку района Порубанок. В 17-45 2 самолета вылетели на разведку в район Ораны, Алитус.

К сентябрю 1941г. Николай Филиппович в составе 452 бомбардировочного авиаполка.

Полк действовал на Ленинградском фронте в составе 3 резервной авиагруппы.

Младший лейтенант Шеболтай  был ранен. 

27 октября 1941г. выписан из эвакогоспиталя ЭГ 442 с предоставлением отпуска.

Находился на излечении в эвакогоспитале ЭГ 1516.

10 февраля 1942г. направлен на курорт «Тагарской».

29 июля 1942г. младший лейтенант Шеболтай выписан из эвакогоспиталя ЭГ 1407 и направлен в штаб Северо-Западного фронта.

Боевой путь установить не удалось. Согласно записи в учетно-послужной картотеке, окончил службу 10 февраля 1945г. Согласно записи в печатной Книге Памяти, числится пропавшим без вести с 01 марта 1945г.