С августа 1941г. в составе 37 кавалерийского полка 50 отдельной кавалерийской дивизии. 

С 08 августа полк в составе дивизии вошел в кавалерийскую группу под командованием генерал-майора Доватора Льва Михайловича. 

27 августа 1941г. Анатолий Кириллович с группой бойцов при налете на д.Желюхово уничтожил склад средств связи, склад с обмундированием и до взвода пехоты противника.

31 августа 1941г. при выходе из рейда в районе Никулино и Устье, во главе группы бойцов вел поиск слабого места в первой линии обороны противника для прорыва полка. По расставленным разведчиками «маякам» полк ночью скрытно вышел между узлами обороны противника в лесной массив.

01 сентября 1941г. вел разведку для прорыва через вторую линию вражеской обороны. Встретившись с засадой, разведчики атаковали врага, обратив в бегство.

26 ноября 1941г. дивизия преобразована в 3 гвардейскую, а полк- в 9 гвардейский.

23 мая 1942г. помощник начальника штаба 9 гвардейского кавалерийского полка 3 гвардейской кавалерийской дивизии старший лейтенант Шевченко был представлен командованием дивизии к ордену Красного Знамени, приказ о награждении от 15 июня 1942г.

07 августа 1942г. колонна полка была обстреляна 6 истребителями Мессершмитт. Среди раненых- командир полка майор Капустин Сергей Федорович и второй помощник начальника штаба полка Шевченко.

В ночь на 27 ноября 1942г. при входе в рейд в районе х.Никишкина адъютант командира дивизии старший лейтенант Шевченко уничтожил из автомата 12 гитлеровцев. По приказу комдиву, под огнем противника прорвался к прежнему месту расположения. Затем, с боем провел два эскадрона 12 гвардейского кавалерийского полка к штабу дивизии.

Находясь в рейде, неоднократно ходил в разведку, добывая ценные сведения о противнике. При выходе из рейда, гранатами уничтожил две пулеметные точки. Был тяжело ранен и эвакуирован в госпиталь.

Был на излечении в эвакогоспитале ЭГ 1025.

Награжден медалью «За оборону Москвы».

Приказом от 25 июня 1943г. награжден орденом Красной Звезды.

В июле 1944г. при форсировании р.Западный Буг и боях за польский г. Влодава в составе разведгруппы добыл ценные документы. В боях за город взял в плен 19 солдат противника.

В боях за г.Седлец (пол. Седльце) находился на наблюдательном пункте дивизии, своевременно докладывая в штаб об изменении оперативной обстановки.

Приказом от 26 сентября 1944г. помощник начальника 2 отделения штаба дивизии капитан Шевченко награжден орденом Отечественной войны I степени.

За умелую организацию действий разведывательных групп, умелую работу с разведданными в ходе Висло-Одерской операции приказом от 21 февраля 1945г. майор Шевченко награжден орденом Красного Знамени.

В период боев на подступах к Берлину в конце апреля 1945г. гвардии майор Шевченко руководил разыедвзводами, своевременно получая разведданные о противнике. Не единожды выезжал в составе головных дозоров.

Приказом от 08 июня 1945г. награжден вторым орденом Красного Знамени.

За годы войны получил два тяжелых и два легких ранения.

Награжден медалями «За освобождение Варшавы», «За взятие Берлина»,  «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

Осенью 1945г. назначен командиром 9 гвардейского кавалерийского полка.

02 ноября 1945г. гвардии подполковник Шевченко в составе группы офицеров полка выехал на учебу в ВОКШ им.Буденного.

За долголетнюю и безупречную службу в 1947г. награжден медалью «За боевые заслуги», в 1953г.- орденом Красной Звезды, в 1956г.- орденом Красного Знамени.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны I степени.