На фронте с сентября 1942 года. Защищал Ленинград, освобождал Прибалтику, Польшу, с тяжелыми боями дошел до Берлина. Начинал войну рядовым стрелком, потом около двух лет был пулеметчиком и закончил свой боевой путь командиром отделения разведки. Был четырежды ранен.

Командир пулемётного отделения 1025-го стрелкового полка (291-я стрелковая дивизия, 67-я армия, Ленинградский фронт) старший сержант Бахтубай Шушаев 25 июля 1944 года в бою на подступах к деревне Ворошилино, расположенной в 22-х километрах юго-западнее города Пскова, поддерживая наступление стрелкового взвода, подавил два пулемёта противника, а при отражении контратаки вывел из строя свыше десятка гитлеровцев.

Приказ по 291-й стрелковой дивизии № 062/н от 1 августа 1944 года «за образцовое выполнение заданий командования в боях с немецко-фашистскими захватчиками» старший сержант Шушаев Бахтубай награждён орденом Славы 3-й степени (№ 238970).

Командир разведывательного отделения 598-го стрелкового полка (207-я стрелковая дивизия, 3-я ударная армия, 2-й Прибалтийский фронт) старший сержант Шушаев 26 ноября 1944 года с группой разведчиков, отражая контратаки противника у хутора Звании, находящегося в 16-и километрах южнее города Салдус (Латвия), уничтожил свыше десяти вражеских пехотинцев и захватил ценные документы, за что 13 декабря 1944 года повторно награждён орденом Славы 3-й степени.

Приказом от 3 июля 1978 года «за образцовое выполнение заданий командования в боях с немецко-фашистскими захватчиками» старший сержант Шушаев Бахтубай перенаграждён орденом Славы 2-й степени (№ 37089).

1 мая 1945 года в ходе уличных боев в столице гитлеровской Германии — городе Берлине командир разведывательного отделения 598-го стрелкового полка (207-я стрелковая дивизия, 3-я ударная армия, 1-й Белорусский фронт) старший сержант Бахтубай Шушаев с бойцами отделением проник в здание имперского театра, закрепился там и отражал контратаки противника до подхода подкрепления.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 мая 1946 года «за образцовое выполнение заданий командования в боях с немецко-фашистскими захватчиками» старший сержант Шушаев Бахтубай перенаграждён орденом Славы 1-й степени (№ 2931), став полным кавалером ордена Славы.

В 1945 году старшина Бахтубай Шушаев был демобилизован. Жил в селе Горьковское Новоорского района Оренбургской области. Работал чабаном в совхозе «Орский». Скончался 30 ноября 1980 года