В 1941 году Пролетарским РВК был призван на фронт и направлен в воска НКВД. В составе 14 особого стрелкового батальона 19 дивизии войск НКВД  Агапий Степанович воевал на Закавказском фронте. Верховный Главнокомандующий Красной Армией поставил задачу перед командованием Закавказского фронта - остановить противника на перевалах. Совместно с частями Красной Армии в бой с врагом вступила 19-я дивизия войск НКВД. Для обороны центральной части Северного Кавказа, были сформированы Орджоникидзевская, Грозненская, Махачкалинская стрелковые дивизии войск НКВД.  26 августа 1942 г. были образованы Владикавказский, Грозненский и Махачкалинский особые оборонительные районы На подступах к Грозному были сосредоточены передовые части войск НКВД, прикрывающие передовые участки обороны укрепрайона. В составе 14 особого стрелкового батальона войск НКВД Агапий Сидоров принимал участие в Битве за Кавказ, во время обороны перевалов Главного Кавказского хребта получил первое тяжелое ранение. Подлечившись снова вернулся на фронт. В конце 1943 года в ходе ожесточенных боев Агапий Степанович был тяжело ранен и направлен в эвакогоспиталь под Ростовом на Дону. Агапий Степанович имеет множество боевых наград, среди них медаль  «За оборону Кавказа».  Участника Великой Отечественной войны и Битвы за Кавказ не стало 2 февраля 1951 года, он похоронен в Ростове на Дону.