Был контужен 12 августа 1941г. на Юго-западном фронте.

К сентябрю 1942г. заместитель командира стрелкового батальона 639 стрелкового полка 231 стрелковой дивизии.

В период с 08 по 12 сентября 1942г. в районе высоты 129,6 (Сталинградский фронт) батальон отбил 3 танковых атаки противника. Алексей Васильевич в этих боях уничтожил до 10 гитлеровцев.

Приказом от 09 декабря 1942г. старший лейтенант Скрага был награжден орденом Красной Звезды. 

Награжден медалью «За оборону Сталинграда».

К августу 1943г. командир 3 стрелкового батальона 441 стрелкового полка 116 стрелковой дивизии.

С началом Курской битвы, полк совершает марш в район Сажное. 04 августа полк в составе дивизии перешел в наступление от д.Непхаево (Курская обл.) в направлении на Белгород. 

В бою за переправу на р.Уды Алексей Васильевич точно поставил задачу артиллеристам и минометчикам, в результате чего батальон отлично выполнил поставленную задачу.

24 августа, разгадав маневр противника, перегруппировал батальон и мощным пулеметных и артиллерийским огнем нарушил планы врага.

За 27 дней боев полк освободил 26 населенных пунктов, уничтожив до 3000 гитлеровцев.

Майор Скрага был представлен к ордену Отечественной войны II степени, приказом от 17 сентября 1943г. награжден орденом Александра Невского.

С 24 по 29 августа полк вел бои за железнодорожную станцию Коротич (участок дороги Харьков- Полтава). 

22 сентября полк участвовал в освобождении Полтавы. Вечером 29 сентября форсировал р.Псел и вел бои за г.Кременчуг.

В ночь на 04 октября полк переправился через Днепр. 2 недели полк в составе дивизии вел бои по расширению плацдарма, отражая многочисленные контратаки противника.

С 22 октября по 18 ноября 1943г. полк занимал оборону в районе м.Млинок.

С 20 ноября полк участвовал в прорыве обороны противника в районе с.Лозоватка (Кировоградская обл.). Прорвав оборону, полк участвовал в освобождении Онуфриевки, железнодорожной станции Павлыш. Другие населенные пункты.

27 ноября противник предпринял контратаку с целью вернуть утерянные позиции у железной дороги. 3 стрелковый батальон вел бой с пехотой и танками. Даже когда танки ворвались на позиции батальона, никто не отступил. В бою были подбиты 7 немецких танков. Комбат Скарга вместе со связным, находясь в подбитом танке, 4 часа вел бой в окружении до подхода подкрепления.

В районе д.Мироновка противник оказал сильное сопротивление. В боях за деревню погиб командир полка майор Сидоренко Григорий Андреевич. 

Со 02 декабря полк продолжил вести наступление.

С 11 декабря 1943г. полк находился в районе г.Знаменка. Личный состав занимался боевой подготовкой.

С 05 января 1944г. полк участвовал в прорыве обороны противника северо-западнее г.Кировоград. К 01 февраля вышел с боями к деревням Арсеньевка и Максимовка, где занял оборону.

С 13 февраля полк совершил марш в Молдавию. 

02 апреля прибыл в район с.Гиришель, где вступил в бой с противником.

С 07 апреля- на марше, 11 апреля переправился через р.Прут и вошел в Румынию.

С 16 апреля полк принимал участие в Ясско- Кишиневской операции, наступая на г.Яссы.

После ожесточенных боев в районе д.Вултурул (Vulturi) полк, с 01 мая 1944г., перешел к обороне.

30 мая 1944г. немецко-румынские войска перешли в наступление, с цель- отбросить наши части за р.Прут. 3 дня противник непрерывно атаковал наши позиции.

26 июня 1944г. полк был выведен в резерв в с.Блиндешты (Молдавия).

В конце августа полк продолжил участие в боях за Яссы.

В первой половине сентября в составе дивизии выведен в резерв.

В конце сентября 1944г. полк в составе дивизии был переброшен эшелонами до станции Ковель, затем, совершил марш в район г.Владимир-Волынский. С 09 октября личный состав приступает к боевой подготовке. Проводит прочесывание окрестных лесов  для борьбы с украинскими националистами.

В конце 1944г. майор Скарга назначен начальником штаба 548 стрелкового полка 116 стрелковой дивизии.

С 12 января 1945г. полк на 1 Украинском фронте. Участвует в Висло-Одерской операции. Находится во 2-м эшелоне, следуя за наступающими частями. 15 января форсировал р.Нида в районе Соколув-Дольниы.

26 января полк находился в районе в г.Ельс (совр.Олесница). 27 января в составе дивизии совершает марш к восточному берегу Одера, юго-восточнее Бреслау (совр. Piekary). К 03 февраля совершает марш в северо-западном направлении и выходит к г.Велау (совр.Волув)

К 06 февраля полк, форсировав Одер, занял оборону в районе Поршвиц (совр. Parszowice).

08 февраля дивизия прорвал оборону противника и продолжила наступление в направлении г.Загань (совр.Жегань). К 17 февраля вышла к станции Рауша (совр. Ruszów). 20 февраля вышли к западному берегу р.Нейссе. С 26 февраля выведена в резерв.

Майор Скарга был представлен к ордену Отечественной войны I степени. Приказом от 31 марта 1945г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

В апреле полк форсировал р Нейсе и вел бои южнее г.Ниски (Германия). 07 мая наступал на Рейхенбах.

С 09 мая маршем через Шенбах в составе дивизии вошел на территории Чехословакии и к 19 мая сосредоточился в районе пос.Инвина (совр. Jivina, Чехия).

В феврале 1946г полк находился во составе Львовского военного округа. Алексей Васильевич был награжден  медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

Уволен в запас 22 августа 1946г. при расформировании дивизии.