Началась война. С июля 1941 года по октябрь 1941 года он был курсантом военного училища г. Череповец. После окончания курсов в октябре 1941 года едет на Ленинградский фронт в действующий стрелковый полк №1069 командиром пулеметного взвода. Первое боевое крещение получил на реке Волхов в районе города Кириши Ленинградской области. Фашисты рвались к Ленинграду и расширяли свой плацдарм на восток. Пулеметной роте лейтенанта Субботина было поручено держать оборону автомобильного моста через реку, не допустить прорыва по нему вражеских частей. Тысячи фашистских солдат и офицеров полегли на подступах к мосту, но форсировать его так и не смогли. Немало было выведено из строя и наших бойцов. Здесь первое пулевоеранение в ногу получил и командир роты. Это случилось в ноябре 1941 года. По январь 1942 года Субботин Иван Иванович лечился в эвакогоспитале №355 г. Кирова. После выписки в январе 1942 года он получает назначение командиром пулеметной роты 130-й отдельной стрелковой бригады и едет на Центральный фронт под город Ржев, где и воевал до августа 1942 года. В августе был тяжело ранен (открытый перелом осколком снаряда в правую руку) и направлен на лечение г. Иваново, эвакогоспиталь №3654. После лечения, в январе 1943 года, направляется в резервную роту командного состава Московского военного округа, так называемые «гороховецкие лагеря». В марте 1943 года получено направление командиром роты 517 ОПАБв 54 укрепрайон г. Сталиногорск Центрального фронта. В мае 1944 года получает назначение командиром пулеметной роты 327 СД 162 СП на Ленинградском фронте. На всю жизнь остался в памяти прадеда день 28 июля 1944 года. На рассвете рота старшего лейтенанта Субботина первой вышла к реке Вуокса на Карельском перешейке и получила приказ занять плацдарм на противоположном берегу. Зацепились за противоположный берег, захватили у врага первый рубеж, а на втором завязалась жаркая схватка. Субботина И.И. тяжело ранили и его эвакуировали в военный госпиталь г. Перми, где лечился до апреля 1945 года.Это ранение было очень тяжелым. В апреле 1945 года комиссовали и отправили на родину на костылях инвалидом 3 группы. Описание одного из подвигов: «…За время боёв на левом берегу реки Вуоксы с 14.18 07- 1944года умело руководил своим подразделением, его пулемётная рота ежедневно во время боёв отбивала по 16-17яростных атак превосходящих сил противника. Ст.лейтенант Субботин лично сам корректировал огонь своих огневых точек, переходя от одной огневой точки к другой и своим присутствием воодушевлял бойцов и командиров на отражение контратак противника. 16.07.1944года при сосредоточении крупных сил противника, пытавшегося атаковать и прорвать наши боевые порядки,т.Субботин лично управлял станковым пулеметом, расстрелял до 15 фрицев. Противник не выдержал пулеметную атаку и отошел на исходные позиции. Во время продвижения роты вперед т.Субботин был тяжело ранен, но не оставлял поле боя, успешно продвигался вперед, где получил второе тяжелое ранение, и только лишь после чего был эвакуирован в госпиталь».«На всю жизнь остался в памяти прадеда день 28 июля 1944 года. На рассвете того дня рота уже старшего лейтенанта Субботина первой вышла к реке Вуокса на Карельском перешейке и получила приказ занять плацдарм на противоположном берегу. Иван Иванович вспоминает: «Переправлялись под огнем противника на связках брёвен, мешках с сеном – на чем попало: лишь бы плыть. Зацепились за противоположный берег, захватили у врага первый рубеж, а на втором завязалась жаркая схватка. Рослый фашист стрелял из пистолета в упор.И тут у меня всё померкло. Вынес из боя старшина Тимофей Нечаев. Переправил на лодке на другой берег, где размещался медсанбат. А в это время наши основные части пошли в наступление». После этого тяжелого ранения эвакуировали в военный госпиталь г. Перми, где лечился до апреля 1945 года.Это ранение было очень тяжелым. Врачи поняли, что выстрелом не задеты внутренние органы, несмотря на то, что пуля прошла из области сердца в правую часть таза. Это случилось потому, что в нагрудном левом кармане были документы: военный билет, партийный билет и удостоверение офицера. Пуля пробила все эти документы, и они спасли жизнь прадедушки. В госпитале раны прочищали так: бинт был продет в левый бок, а выведен в правый. Каждое утро при перевязке бинт протаскивали и смотрели, нет ли нагноений. И в области таза оказалась инфекция. Пришлось долбить кость таза. Так документы, находившиеся в левом нагрудном кармане: удостоверение офицера, партийный билет, орденская книжка, были простреляны насквозь. Пуля погасила скорость движения и, отклонившись, не пробила сердце насквозь. Так документы спасли жизнь Ивану Субботину.