После призыва был направлен в г.Фергана, где формировалась 38 отдельная стрелковая бригада.

30 ноября 1941г. формирование бригады было завершено. 13 декабря бригада выехала к новому месту дислокации- Перловка, куда прибыла 06 января 1942г. 25 января- прибыла в Бологое.

05 февраля 1942г. бригада вступила в бой за с.Пенно (южнее г.Старая Русса), где вела бои по 10 февраля, потеряв убитыми и ранеными 1044 человека.

Бригада была переброшена на Калининский фронт в район г.Холм, где вела оборонительные бои.

17 марта 1942г. бригада была переименована в 4 гвардейскую  стрелковую бригаду.

В июле 1942г. бригада была переброшена на Северный Кавказ.

В сентябре 1942г. вела бои на Моздокском направлении у станицы Ищерская. Была награждена орденом Красного Знамени.

В начале ноября бригада вела бои, прикрывая участок дороги Дарг-Кох – Беслан. С 06 ноября перешла в наступление, участвуя в Гизельской операции в районе г.Орджоникидзе (г.Владикавказ).

К 12 ноября Гизельская группировка противника была уничтожена. 

К январю 1943г. гвардии сержант Тимофее командир отделения отдельной саперной роты бригады. Командир взвода гвардии лейтенант Андрыгин Дмитрий Иванович, командир роты гвардии капитан Алабугин Петр Николаевич.

До 22 декабря бригада занимала оборону, после чего, перешла в наступление. С марта 1943г. участвовала в освобождении Кубани.

В июле 1943г. на базе 4 и 10 гвардейских стрелковых бригад была сформирована 108 гвардейская стрелковая дивизия.

Иван Васильевич назначен командиром отделения 115 отдельного гвардейского саперного батальона дивизии.

С 22 июля дивизия участвовала в прорыве глубокоэшелонированной линии противника на участке хутор Арнаутский- хутор Подгорный («Голубая линия»).

С 26 сентября- в прорыве линии обороны противника «Вотан» (севернее Мелитополя). К 03 ноября- вышла к Днепру.

В начале декабря дивизия была выведена в резерв, вернулась на фронте в конце января 1944г. 

В феврале 1944г. дивизия участвовала в боях за расширение Никопольского плацдарма на правом берегу р.Днепр. С 01 по 28 марта вела бои за г.Николаев, с 01 по 09 апреля- за Одессу.

С 18 по 30 апреля 1944г.- вела бои по расширению плацдарма на правом берегу р.Днестр в районе с.Талмаз (Молдавия). После чего перешла к обороне.

С 20 августа 1944г. части дивизии участвовали в Ясско-Кишиневской операции. Прорвали оборону противника на правом берегу р.Днестр у с.Чобручи.

В сентябре наступали в южном направлении в междуречье Сирет и Прут.

22 октября овладели городом Алпар, ночью отражали контратаки противника.

В начале ноября дивизия наступала на Будапешт. Овладела городами Надькереш (01 ноября) и Цеглед (03 ноября).

22 ноября 1944г. при форсировании р.Чепели-Дунааг в районе Сегетчеп (в 20км. южнее Будапешта) Иван Васильевич командовал расчетом гребцов резиновой десантной лодки. За ночь, под огнем противника, лодка совершила 12 рейсов, перебросив 150 бойцов и командиров на противоположный берег.

Приказом от 20 декабря 1944г. гвардии сержант Тимофеев был награжден орденом Красной Звезды.

С 26 ноября велась подготовка к форсированию Дуная. В ночь с 04 на 05 декабря полк форсировала Дунай.

С 26 декабря дивизия вела бои за Будапешт (район Буда). Город был освобожден 13 февраля 1945г.

В конце марта- начале апреля дивизия с боями вышла к границе Венгрии. В первых числах апреля вела бои на территории Югославии (совр.Словения) севернее г.Мурска-Собота. Затем, была переброшена к венгерско-австрийской границе и вела бои на территории Австрии.

10 апреля в 12-25 перешла в наступление. В 13-00 овладела первой линией траншей, продолжила наступление и овладел второй и третьей линиями. В 14-10 овладела Чаниграбен (Австрия), в 16-30, обходом справа, овладела Крамграбен. Далее, наступала в направлении г. Пинкафельд.

Боевые действия завершила взятием железнодорожной станции Графендорф (юго-западнее г. Пинкафельд).

Иван Васильевич был награжден медалями «За оборону Москвы», «За оборону Кавказа».