Участник Великой Отечественной войны .После окончания Краснодарского училища Зенитной Артиллерии, в конце 1941г., направлен на Ленинградский фронт. Сначала был командиром минометного взвода, а затем -  командиром батареи защищал небо Ленинграда в составе 602 зенитного артиллерийского полка 7-ой артиллерийской дивизии Резерва Главного командования. Воевали с огоньком, вдохновением и энтузиазмом. Сочиняли стихи, но в основном куплеты, содержание которых отражало боевые дела, события, успехи, обстановку. После прорыва блокады Ленинграда в январе 1943 года 602 ЗАП занял огневые позиции под Пулково (Пулковские высоты), прикрывая позиции наших передовых войск от навлетов фашисткой авиации и отражая массированные налеты бомбардировочной авиации на Ленинград. В 1943 году под Пулково часто появлялся немецкий самолет-разведчик Хеншель-126 для разведки боевых порядков наших войск и корректировки артилерийских обстрелов наших позиций. У этого самолета было два прозвища "Горбатый" и "Костыль". Сбить их было очень трудно. Он летал нагло, на небольшой высоте, с малой скоростью. Полет был неровный, кругами, с изменением высоты. Пальба, стрельба по нему со всех сторон, из всех видов оружия, а он как заколдованный летает и летает. Надо было умудриться, подойти творчески и уничтожить "Горбатого". Это удалось не с первого раза, зенитной батарее 602 ЗАП, которой командовал лейтенант Степан Иванович Трофанчук. На виду всего участка фронта третьим залпом батареи Хеншель-126 был сбит. Было всеобщее ликование на всем участке фронта, особенно было довольно командование. Это событие тут же попало на карандаш самодеятельности полка:

     Ковылял по небу тот "костыль-горбатый"

     Назывался хеншель он сто двадцать шесть,

     Но Трофанчуковцы бравые солдаты

     Хеншеля разбили на сто двадцать шесть.

          Хеншель все летает, смотрит, наблюдает,

          Распроклятый ты "костыль".

          Вот мелькнули разрывы,

          Покачнулся трусливый

          И зарылся носом прямо в пыль.

     И если спросит Геббельс из Берлина -

     "Ой, чья же батарея так метка?"

     Ему ответит Геринг с кислой миной -

     "То, смертоносный залп солдат Трофанчука".

В экспозиции Санкт-Петербургского Военно-исторического музея артиллерии, инженерных войск и войск связи находятся две боевые зенитные пушки 7-й зенитной артиллерийской дивизии Пушкинской Краснознаменной РГК с указанием их боевого счета и пути. Они являются единственными представителями всех армейских зенитно-артиллерийских соединений и частей.

Закончил войну, Трофанчук Степан Иванович, в звании капитана в составе 1-го Белорусского фронта в Берлине, и расписался на Рейхстаге. Затем служил и работал вплоть до своего ухода в мае 1994 года.