Алексей Федорович призван на фронт 23 июня 1941 года Астраханским ОВК. В том же году во время отхода части Красной Армии минировал мосты, здания, дороги. Во время подготовки взрыва льда на реке Нева был ранен первый раз и направлен в госпиталь.

После госпиталя Алексея Федоровича направили на сетезаградительный корабль, на котором вместе с моряками-балтийцами участвовал в прорыве блокады Ленинграда по штурмованию дзотов немцев.

24 июня 1943 года при строительстве моста через Неву для переправы советских танков был вторично ранен. По выздоровлению направлен в 1006 аэр. полк ПВО 7 ВА.

12 апреля 1944 года был наводчиком орудия. При отражении налета вражеской авиации на аэродром на озере Каменное 2 батареей был сбит самолет противника, в этом непосредственное участие принимал Алексей Трушкин.

Участник боев в Карельском, Белорусском и Забайкальском фронтах. Награжден медалями "За боевые заслуги" и "За отвагу" и Орденом Отечественной войны II степени.